核酸研究期刊 Nuclear Acid Research 最近发布了生物信息在线工具分析工具列表,这期主题仍集中以下几个方面
- DNA & RNA
- 基因组和遗传变异
- 基因集功能富集分析
- 上新一款模式生物的软件
- 系统发生的分析与可视化
- 今年软件特别丰富
- 蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能
- PSIPERD 二十周年!
- 文本挖掘
- NCBI 二连击!
- 其他领域
- CRISPR/Cas 基因组编辑工具箱上线!
另外,文末附上了任职 13 年的 NAR Web Server Issue 执行主编的退休感言。
下面是 NAR 点名 的一些工具,详细的工具连接请访问原文。另外,对软件描述进行词频统计可以发现,蛋白质的研究仍然一马当先,而结构的研究已经成为目前的主流。
DNA & RNA
- Web 3DNA 2.0
- 能够分析与可视化 DNA 结构 (封面图)
- tRNAviz
- 分析 tRNA 序列
- sRNAbench and sRNAtoolbox 2019
- 分析小 RNA
- RNA workbench 2.0
- RNA 分析工具箱升级版
- RNAmod
- mRNA 修饰的注释
- HNADOCK
- RNA/DNA 的 3D 建模
基因组与遗传变异
- antiSMASH 5.0
- 用于检测次级代谢产物的生物合成基因集合
- CPGAVAS2 与 OGDRAW
- 对细胞器(叶绿体与线粒体)基因组的注释与可视化
- WashU Epigenome Browser
- 表观数据的探索
基因集功能富集分析
- g:Profiler
- 使用频率很高的一款软件升级了!
- WebGestalt 2019
- 软件升级
- modEnrichr
- 一款针对模式生物的新软件
- ChEA3
- 针对转录因子的富集分析
系统发生的分析与可视化
- iTOL v4 / Phylogeny.IO / Evolview v3
- 系统发生树的注释与可视化
- NGPhylogeny.fr
- 系统发生分析
- AutoMLST
- 细菌的多位点序列分析
蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能
蛋白质工具集合
PSIPRED
结构注释工具集
结构预测
- IntFOLD
- 蛋白结构预测
- LOMETS2
- 基于线程的结构预测
- DaReUS-Loop
- 对 loop 建模
- Caver Web
- 识别蛋白质结构的沟壑(tunnels & channels)
结构预测模型评估
- GalaxyRefine2
- 蛋白结构精细化
- VoroMQA
- 结构模型质量评估
蛋白互作
- PIZSA
- 基于氨基酸残基表面预测蛋白互作
- mCSM-PPI2
- 预测突变对蛋白互作的影响
其他
- Yosshi
- 利用二硫键对蛋白质的工程化
- SwissTargetPrediction
- 小分子潜在的蛋白质靶
- PRECOG
- G-蛋白偶联受体的偶联概率预测
- Aggrescan3D 2.0
- 蛋白质溶解度的分析
文本挖掘
- PubTator Central 与 LitSense
- 两个软件都试图对不断扩大的文献迁移任务简化
- GeneShot
- 寻找与研究主题最相关的基因
其他领域
- NetworkAnalyst 3.0
- 基于网络的基因表达分析
- EpiAlignment
- 用序列与表观信息比对基因区域
- SPADE
- 过敏源 IgE 抗原表位的预测
- Pergola-web
- 对时间序列等纵向数据的分析与可视化
- IEDB-AR
- 为 Immune Epitope Database 提供了新的计算工具
- CHOPCHOP v3
- CRISPR/Cas 基因组编辑工具集合
- EMBL-EBI APIs
- 生物信息序列分析与文本挖掘网络服务器。