核酸研究期刊 Nuclear Acid Research 最近发布了生物信息在线工具分析工具列表,这期主题仍集中以下几个方面

  • DNA & RNA
  • 基因组和遗传变异
  • 基因集功能富集分析
  • 上新一款模式生物的软件
  • 系统发生的分析与可视化
  • 今年软件特别丰富
  • 蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能
  • PSIPERD 二十周年!
  • 文本挖掘
  • NCBI 二连击!
  • 其他领域
  • CRISPR/Cas 基因组编辑工具箱上线!

另外,文末附上了任职 13 年的 NAR Web Server Issue 执行主编的退休感言。

下面是 NAR 点名 的一些工具,详细的工具连接请访问原文。另外,对软件描述进行词频统计可以发现,蛋白质的研究仍然一马当先,而结构的研究已经成为目前的主流。

DNA & RNA

  1. Web 3DNA 2.0
  • 能够分析与可视化 DNA 结构 (封面图
  1. tRNAviz
  • 分析 tRNA 序列
  1. sRNAbench and sRNAtoolbox 2019
  • 分析小 RNA
  1. RNA workbench 2.0
  • RNA 分析工具箱升级版
  1. RNAmod
  • mRNA 修饰的注释
  1. HNADOCK
  • RNA/DNA 的 3D 建模

基因组与遗传变异

  1. antiSMASH 5.0
  • 用于检测次级代谢产物的生物合成基因集合
  1. CPGAVAS2 与 OGDRAW
  • 对细胞器(叶绿体与线粒体)基因组的注释与可视化
  1. WashU Epigenome Browser
  • 表观数据的探索

基因集功能富集分析

  1. g:Profiler
  • 使用频率很高的一款软件升级了!
  1. WebGestalt 2019
  • 软件升级
  1. modEnrichr
  • 一款针对模式生物的新软件
  1. ChEA3
  • 针对转录因子的富集分析

系统发生的分析与可视化

  1. iTOL v4 / Phylogeny.IO / Evolview v3
  • 系统发生树的注释与可视化
  1. NGPhylogeny.fr
  • 系统发生分析
  1. AutoMLST
  • 细菌的多位点序列分析

蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能

蛋白质工具集合

PSIPRED

结构注释工具集

结构预测

  1. IntFOLD
  • 蛋白结构预测
  1. LOMETS2
  • 基于线程的结构预测
  1. DaReUS-Loop
  • 对 loop 建模
  1. Caver Web
  • 识别蛋白质结构的沟壑(tunnels & channels)

结构预测模型评估

  1. GalaxyRefine2
  • 蛋白结构精细化
  1. VoroMQA
  • 结构模型质量评估

蛋白互作

  1. PIZSA
  • 基于氨基酸残基表面预测蛋白互作
  1. mCSM-PPI2
  • 预测突变对蛋白互作的影响

其他

  1. Yosshi
  • 利用二硫键对蛋白质的工程化
  1. SwissTargetPrediction
  • 小分子潜在的蛋白质靶
  1. PRECOG
  • G-蛋白偶联受体的偶联概率预测
  1. Aggrescan3D 2.0
  • 蛋白质溶解度的分析

文本挖掘

  1. PubTator Central 与 LitSense
  • 两个软件都试图对不断扩大的文献迁移任务简化
  1. GeneShot
  • 寻找与研究主题最相关的基因

其他领域

  1. NetworkAnalyst 3.0
  • 基于网络的基因表达分析
  1. EpiAlignment
  • 用序列与表观信息比对基因区域
  1. SPADE
  • 过敏源 IgE 抗原表位的预测
  1. Pergola-web
  • 对时间序列等纵向数据的分析与可视化
  1. IEDB-AR
  • 为 Immune Epitope Database 提供了新的计算工具
  1. CHOPCHOP v3
  • CRISPR/Cas 基因组编辑工具集合
  1. EMBL-EBI APIs
  • 生物信息序列分析与文本挖掘网络服务器。

 

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