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本期关键词：CIRI-long；纳米孔测序；全长环状RNA
一、利用CIRI-long对纳米孔全长环状RNA进行分析
标题：Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long
IF：17.021
期刊：Nat Protoc
通讯作者：赵方庆（中国科学院北京生命科学研究院）
发表日期：2023 Apr 12
Doi: 10.1038/s41596-023-00815-w
摘要：环状 RNA (circRNA) 在调节发育过程和疾病进展中具有重要作用。由于大多数circRNA序列与其同源线性转录本高度相似，目前基于短读长测序的方法依赖于反向拼接连接信号来区分环形和线性读数（reads），这不能使circRNA的全长结构有效重建。在文中，作者描述了一种基于长读长测序的协议 CIRI-long，用于检测全长环状 RNA。CIRI-long 协议结合了滚动循环逆转录和纳米孔测序来捕获全长 circRNA 序列。经过 poly(A) 加尾、RNase R 处理和PCR产物的大小选择，CIRI-long 在构建的文库中实现了循环读数百分比的增加（6%），比之前的 Illumina提高了20倍。该方法可应用于细胞系或组织样本，能够准确检测100-3,000 bp范围内的全长circRNA。整个协议可在 1 天内完成，并可使用 Nanopore barcoding kit和 PromethION 测序设备进行放大从而进行大规模分析。CIRI-long 可以作为一种有效且用户友好的协议来刻画全长 circRNA，为circRNA 提供直接和令人信服的证据。另外，该分析管道（pipeline）为识别全长 circRNA 亚型和整合多个数据集提供了方便的功能。CIRI-long 组装的全长转录本及剪接模式为探索circRNA的生物学功能提供了不可或缺的信息。
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