目录

• 数据库大观
• 功能统计
• 数据库王者
• 最新数据库
• 陈词总结

 

01、数据库大观

十年环状RNA研究,截至 2022年11月4日,可统计的环状RNA数据库资源总共包含44款。根据数据库收录的信息大概分成了以下几类:

• 功能数据库(生物学功能数据库,蛋白质翻译数据库)

• 疾病数据库(癌症数据库,其他疾病数据库)

• 转录与调控数据库(表达数据库,互作数据库,转录调控数据库,SNP与表型关联数据库等)

• 综合数据库

• 其他数据库

图中年份表示数据库发布环状RNA信息的年份

 

02、功能统计

随着环状RNA的研究日渐深入,包含各种信息的数据库也日益涌现。除了一些基本的信息(例如序列信息、宿主基因等),一些数据库还包含了与环状RNA功能相关的信息(例如miRNA调控、翻译潜能等);当然,“批量下载”功能对于数据挖掘非常友好。

只有circBank与TransCirc包含m6A信息;CSCD以及CircRiC还包含了用药信息(图中未展示);亚细胞定位首推RNAlocate,而CSCD也包含相关信息。

 

03、数据库王者

数据库对于后来的研究者是不可多得的资源,但不同的数据库命运却截然不同,一些被口口相传,而一些走着走着就没了~

好的资源与工具最主要是解决“用户需求”,然后是“用户体验”,当然一个好记的名字也非常关键。starBase(现在改名ENCORI,新名字没有旧名字响亮)作为知名的互作数据库经历了至少3次大的更新,涵盖的内容除了circRNA,还包含其他RNA分子。

 

04、最新数据库

11月2日,哈尔滨医科大学生信信息与技术学院赵红颖等人在NAR发布了LncTarD的最新版。相比第一版,新版本囊括了更多的数据资源,且收了环状RNA相关信息。

陈词总结

虽然发布了这么多款环状RNA的数据库,然而通过对这些数据库资料整理和分析后,我认为现在环状RNA数据库仍然是稀缺的。归纳一下主要包含以下几个原因:

 

• 数据库为科研工作带来了极大的方便,所以大家热情不减,而目前可利用的数据库资源并不多,例如RNA修饰信息、药物研究信息等

• 好的数据库较少,大部分数据库发布之后就不再更新(占比32/44),而有些数据库可能只写了个名字,例如CCRDB

• 目前大部分数据库信息都是生信工具预测的信息,被实验支持的极少,例如环状RNA功能数据库

 

令人遗憾的是,一些常用的数据库circBase、circInteractome以及Circ2Traints都已经罢工;但这也为其他数据库提供了露脸的机会,这几款数据库最近一次更新是circBase于2017年的更新。

“江山代有才人出,各领风骚数百年”。随着环状RNA研究的日新月异,相信有更多好的数据库涌现。

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