环状RNA(circRNAs)是剪接过程产生的共价封闭单链RNA分子。大多数真核circRNA是非编码RNA,在基因表达中具有潜在的调控功能。然而,一小部分内源性circRNA具有内部核糖体进入位点(IRESs),可以作为蛋白质模板,以不依赖于帽的方式诱导翻译。并且,大量的circRNA也可以在体外通过体外转录反应制备circRNA。

circRNA可能作为免疫系统的调节作用已被很多文献报道。由于其共价闭环结构和没有5‘帽或3’polyA尾巴、比线性RNA更稳定,且可通过细胞外囊泡从细胞中释放出来。这些特征可作为诊断和预后生物标志物,应用于临床实践,从而越来越引起了人们的关注。

最近,作为疫苗的候选者,circRNA开发成的疫苗被证明可以在非人类灵长类动物中诱导对SARS-CoV-2的广谱保护[1]。然而,circRNA在体内识别、翻译和激活信号导致保护性免疫的机制目前尚不清楚。

2023年5月8日,斯坦福大学Howard Y. Chang教授课题组在Proceedings of the National Academy of Sciences发表文章Circular RNA vaccine induces potent T cell responses。文章表示,环状RNA与线性mRNA相比高度稳定,可提供持久的蛋白表达。作者用体外制备的circRNA(能编码蛋白抗原)造成小鼠免疫,可诱导树突状细胞的先天激活,刺激淋巴结和组织中强大的抗原特异性CD8 T细胞反应。种种迹象明示circRNA疫苗在刺激组织中先天免疫和T细胞反应方面的潜在用途——作为治疗性疫苗,诱导强大的细胞免疫,清除肿瘤。这些结果表明,体外制备的circRNA可用于疫苗开发和肿瘤治疗。


circRNA与可溶性蛋白结合可在多种免疫途径中作为优秀的疫苗佐剂

佐剂可通过不同的作用方式增加免疫反应的强度和持续时间,对于提高疫苗的有效性至关重要。研究表明,外源性circRNA在体内与可溶性蛋白一起传递时,有助于诱导抗原特异性抗体和T细胞。但因为递送途径不同可能会有不同的结果,作者进一步用不同的免疫途径来评估了circRNA作为疫苗配方中一种独特佐剂的潜力。

体外合成circRNA和鸡卵清蛋白(称为OVAp)通过三种递送策略(皮下、鼻内和静脉注射)免疫C57BL/6小鼠,另外加以阳性对照(AddaVax,皮下佐剂)辅助验证,在第7天和第30天测量了脾脏、引流淋巴结(LNs)和肺部T细胞和抗体反应的大小。结果发现,circRNA+OVAp无论是哪种免疫途径均能诱导强烈的T细胞反应,并效果优于阳性对照。免疫后的抗体检测发现,所有给药途径中观察到血清中抗ovaIgG抗体的水平相似。此外,比较circRNA和Poly(I:C)作为鼻内佐剂的免疫效果发现,circRNA和Poly(I:C)诱导肺部抗原特异性CD8 T细胞的频率相当。综上所述,研究结果表明,circRNA可作为一种有效的疫苗佐剂用于多种免疫途径,并可媲美Poly(I:C)和AddaVax的免疫应答。

 

图1 circRNA对不同给药途径的辅助作用


 

circRNA注射到小鼠体内时,可激活先天免疫细胞,并诱导树突状细胞的免疫激活

先天免疫系统在免疫反应的大小、质量和持久性方面起着重要作用。作者解析了circRNA接种后产生强适应性免疫反应背后的机制。

首先确定了circRNA在体内传递时的生物分布。在circRNA免疫前后,用Luminex先天细胞因子面板分析血清。将circRNA偶联到荧光团AF488上,并皮下注射(s.c.)AF488-circRNA到C57BL/6小鼠。免疫24小时后,通过流式细胞术分析引流腹股沟淋巴结(iLNs)中的先天免疫细胞亚群。结果发现,circRNA在单核细胞、树突状细胞和一些巨噬细胞亚群中被检测到。巨噬细胞亚群包括边缘脊髓巨噬细胞(MCMs)、边缘窦巨噬细胞(MSMs)和囊膜下窦巨噬细胞(SSM),其中circRNA显著富集于MCMs和MSMs。尽管小鼠中B细胞没有检测到circRNA,但B细胞频率显著增加,CD86上调检测B细胞激活也增加,并且单核细胞的频率和激活显著增加,所有巨噬细胞和树突状细胞亚群的激活也显著增加,血清中的炎症免疫因子对circRNA免疫的反应也较为强烈。综上所述,circRNA注射到小鼠体内时,诱导几种先天免疫细胞激活,同时诱导炎症细胞因子产生强烈反应。

树突状细胞(DCs)是最有效的抗原呈递细胞,负责抗原加工和呈递、迁移和T细胞共刺激。作者发现,circRNA可诱导树突状细胞的成熟,从而增加了共刺激分子的表达和多种炎症细胞因子和趋化因子的分泌。

图2 circRNA的生物分布和先天免疫识别


CART传递工程circRNA改善蛋白编码从而呈递抗原

circRNA可激活先天免疫已被证实。作者随后研究circRNA在作为佐剂和抗原编码序列时,诱导适应性免疫反应的能力。

作者使用优化的元件来进行circRNA(编码circRNA的鸡卵清蛋白-circOVA)的设计和转录,从而为了使得circRNA翻译效果超过mRNA。体外细胞实验表示,circOVA具有翻译能力。

作者使用CART递送circRNA,这是一种合成的可降解材料,可以在细胞内复杂、保护和高效地递送mRNA和circRNA,从而导致高效的蛋白质翻译。CART-circOVA转染结果表明,由circRNA编码的蛋白质可以被树突细胞加工并呈现给免疫系统。

随后作者单独用CART、circRNA或CART-circRNA免疫小鼠,结果发现CART传递的circRNA导致了先天免疫亚群的激活谱,这与之前观察到的circRNA相似。

图3 circRNA被翻译并呈现给免疫系统


 

circRNA编码的抗原在体内诱导强烈的T细胞反应

CART的效果已被证明,且具有较高的包封效率、良好的耐受性和非免疫原性,此外作者也验证了CART传递circRNA可产生稳定和持续的蛋白质(腹腔注射)。因此,作者在circRNA上再度进行验证,结果发现,CART-circOVA在肺、脾脏和血液中诱导了CD8 T细胞的有效反应,是circRNA+OVAp的6-8倍。此外,抗体反应检测发现,与CART-circOVA相比,circRNA+OVAp诱导的抗OVAIgG一致且显著升高,但CART-circOVA组仍可检测到抗OVA抗体)。缺乏一致的抗体反应分析原因可能是由于CART-circOVA免疫后蛋白分泌减少;免疫24小时后的血液中无法检测到OVA蛋白与此分析结果一致。这些结果表明,CART-circRNA免疫策略导致T细胞偏倚反应,可能需要进一步优化来诱导对circOVA的抗体反应。

接下来,作者试图确定circRNA和CART的组合是否可以推广到其他候选疫苗。流感病毒是突变最快的病毒之一,针对病毒保守位点(如核蛋白)的CD8 T细胞已被证明对异亚型流感感染具有保护作用。因此,作者构建了一个编码流感病毒(PR8株)核蛋白(NP)序列的circRNA,称为circNP。结果发现,circNP+CART(CART-circNP)腹腔注射后,在血液中诱导核蛋白特异性T细胞反应。结果表明,利用circRNA编码病原体来源的抗原序列可以有效地诱导抗原特异性CD8 T细胞应答。

 图4 体内circRNA传递激活T细胞特异性反应


circRNA疫苗可诱导抗肿瘤疗效

癌症疫苗接种的目的是诱导基于抗原特异性T细胞的细胞免疫,从而靶向和清除肿瘤细胞。用circOVA与CART复合物免疫后,在组织和血液中系统地观察到强烈的细胞T细胞反应,这提示circRNA可作为一种癌症疫苗。

在小鼠治疗方案中作者测试了circRNA疫苗的抗肿瘤疗效。B16-F10-OVA黑色素瘤细胞接种在小鼠的背部皮下构建肿瘤模型,然后被随机分为两组:对照组(未治疗)和CART-circOVA(疫苗)组。与未治疗组相比,circRNA疫苗组具有明显的肿瘤生长抑制作用。结果表明,circRNA免疫可作为有效抑制肿瘤生长的免疫治疗策略。

图5 circRNA疫苗可诱导抗肿瘤疗效

 

原文链接:

https://doi.org/10.1073/pnas.2302191120

参考文献:

1. L. Qu et al., Circular RNA vaccines against SARS-CoV-2 and emerging variants. Cell 185, 1728–1744.e16 (2022)

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