前不久我们介绍过赵老师团队的circAtlas 3.0整合了纳米孔测序数据，能够提供一些环状RNA的转录本全长信息。
详情见：Nucleic Acids Res | 北京生科院赵方庆团队更新circAtlas 3.0 版本：环状RNA全面信息的综合数据库
很快，在2023年10月12日，Nucleic Acids Research（IF=14.9）再一次刊发了关于纳米孔全长环状RNA的文章“FL-circAS: an integrative resource and analysis for full-length sequences and alternative splicing of circular RNAs with nanopore sequencing”，该研究成果由台湾省中央研究院的庄树谆教授团队分享。
作者认为，短读长测序虽然已经鉴定到了数百万的BSJ（back-spliced junction），然而确定其确切的全长以及可变剪切异构体仍具有很大的挑战性。而纳米孔全长环状RNA测序策略为解决这些问题提供了重要的通道。因此，作者收集了20个细胞系或组织已发表的三代测序数据，从中识别到了人和小鼠大量BSJ以及环状RNA全长异构体（或称为亚型），构建了FL-circAS数据库。
图1. Graphical Abstract
除了提供环状RNA全长和亚型信息，FL-circAS还囊括了环状RNA的多种特征，包括：
环状RNA分子刻画
– 每个BSJ和亚型的表达水平
– 细胞或组织特异性
– 以及每个BSJ发生可变剪切的信息熵
环状RNA的生物学起源
– BSJ侧翼序列的反向互补序列
– BSJ侧翼序列RBP结合位点
环状RNA功能
– miRNA结合位点
– RBP结合位点
– m6A修饰
– 翻译元件与翻译潜能
该数据库可以通过以下网址访问：
https://cosbi.ee.ncku.edu.tw/FL-circAS/
以下为文章的部分结果：
环状RNA全长亚型的识别
FL-circAS从GEO收集了20个细胞系和组织的长读长 RNA-seq（表1），并用isoCirc和CIRI-long来识别环状RNA全长（图 2）
表1. FL-circ中包含的nanopore测序数据
图2. FL-circAS的构建流程图
案例解析同一BSJ的多个isoforms
第一个案例是TEME138基因来源的环状RNA chr11|61366045|61367998|+，它包含3个具有同样BSJ的isoforms（定义为iso#001、iso#002、iso#003），这些isoforms已在Hela细胞中被RT-PCR和Sanger测序验证。关于该BSJ，FL-circAS总共识别到了214条isoforms，而iso#001、iso#002、iso#003在所有isoforms中具有最多的长读长数据支持。值得注意的是，GENCODE中并没有iso#002、iso#003的外显子注释（图 3A,B)；因此，一般短读长测序只能推测出iso#001。从数据库我们可以看到，iso#001主要在HEK293T、brain和testis表达，而iso#002主要在HEK293、adipose、adrenal gland和kidney中表达，另外二者同时在blood中高表达（图 3C）。
图3. BSJ:chr11|61366045|61367998|+(host gene:TMEM138)案例
第二个案例是来源于VAPB基因的chr20|58438945|58441083|+，该BSJ在MCF-7细胞中具有很高的AS信息熵，包含两个高表达的 isoforms（iso#001、iso#002），其中iso#001与 VAPB的外显子一致，而iso#002却存在外显子跳跃（图4E~G）。该BSJ没被验证过，因此，作者对 MCF-7细胞进行RNase R处理，发现该BSJ能够耐受RNase R（图4H）；通过PCR-Sanger测序证实了两个isoforms的存在（图4I，J）。
图4. BSJ：chr20|58438945|58441083|+（host gene:VAPB）案例
以上结果再次证明了许多BSJ内部序列是存在AS事件的，而长读长测序是检测环状RNA全长和可变剪切异构体的有效手段。
FL-circAS这个全长环状RNA数据库，不仅多方面刻画了BSJ不同的可变剪切亚型，还提供了circRNA详细的功能和调控信息，这为广大的环状RNA研究者提供了丰富有用的资源。
原文链接：
https://doi.org/10.1093/nar/gkad829