欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计31篇，下面我们一起来看看，circRNA研究最近有哪些新进展。
检索式：(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]
1.利用环状RNAs进行体内RNA碱基编辑
标题：In vivo RNA base editing with circular RNAs
杂志：Nat Rev Genet
影响因子：53.242
通讯作者：Michael Attwaters（Nature Reviews Genetics）
RNA碱基编辑作为基因组编辑的替代品具有巨大的治疗潜力。最近的方法利用了作用于RNA（ADAR）的内源性腺苷脱氨酶，通过使用引导RNA（gRNAs）引导这些酶进行精确的腺苷-肌苷（鸟苷）编辑。然而，gRNAs的有效性和稳定性通常较低，非目标编辑仍然是一个问题。最近，Katrekar et al.和Yi et al.在《自然生物技术》杂志上发表的两项研究描述了更稳定的gRNAs的工程，从而实现更精确和高效的RNA编辑。
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2. CircOGDH是急性缺血性中风的半暗带生物标志物和治疗靶点
标题：CircOGDH Is a Penumbra Biomarker and Therapeutic Target in Acute Ischemic Stroke
杂志：Circ Res
影响因子：17.367
通讯作者：Dan Lu ，徐安定教授，Chi Kwan Tsang（暨南大学第一附属医院）
背景:急性缺血性中风(AIS)是世界范围内致残和死亡的主要原因。预测AIS后半暗区是否存在是决定再灌注治疗的关键。然而，一种快速、廉价、简单、无创的具有临床转译潜力的中风后半暗区预测生物标志物仍然缺乏。本研究的目的是研究CircOGDH(源自氧戊二酸脱氢酶的环状RNA)是否是AIS患者半暗带的潜在生物标志物，以及其在缺血性神经元损伤中的作用。
方法:从大脑中动脉闭塞小鼠的半暗区中筛选CircOGDH，采用定量聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction)检测AIS患者血浆中的CircOGDH。磁共振成像用于检查半影体积。通过荧光原位杂交、RNA免疫沉淀和荧光素酶报告试验检测初级皮层神经元中CircOGDH与miR-5112相互作用。ad介导的CircOGDH敲低可改善COL4A4(鸡胶原，型，α VI)过表达诱导的神经元凋亡。透射电镜、纳米颗粒跟踪分析和Western blot检测外泌体。
结果:CircOGDH表达在大脑中动脉闭塞小鼠的半影组织和45例AIS患者的血浆中显著和选择性地上调，AIS患者的血浆比非脑血管疾病对照组增强54倍。部分回归分析显示，AIS患者CircOGDH表达与半暗区大小呈正相关。如图1所示，通过CircOGDH隔离miR-5112可增强COL4A4的表达，从而提高神经元损伤。此外，在缺血条件下，CircOGDH的下调显著提高了神经元细胞的生存能力。此外，CircOGDH在脑组织中的表达与大脑中动脉闭塞小鼠血清中的表达密切相关。最后，作者发现，与非脑血管疾病患者相比，AIS患者血浆外泌体中CircOGDH高表达。
结论:这些结果表明，CircOGDH是调节缺血神经元活力的潜在治疗靶点，在外周血中富含神经元来源的外泌体，在AIS患者中显示出半暗带的预测性生物标志物。
图1. CircOGDH参与AIS作用机制
3. HCRNet:使用深度时间卷积网络从CLIP-seq数据中识别高通量环状RNAs绑定事件
标题：HCRNet: high-throughput circRNA-binding event identification from CLIP-seq data using deep temporal convolutional network
杂志：Brief Bioinform
影响因子：11.622
通讯作者：Xiangtao Li（北京大学国际肿瘤研究所）
确定环状RNAs (circRNAs)和RNA结合蛋白(RBP)之间的全基因组结合事件，可以极大地促进我们理解环状RNAs的功能机制。由于交联免疫沉淀测序技术的发展，积累了大量全基因组circRNA结合事件数据，为设计高性能的计算模型来区分RBP相互作用位点，从而解释circRNA的生物学意义提供了机会。不幸的是，仍然没有足够灵活的计算模型来适应不同数据尺度和不同程度的特征表示的circRNA。如图2所示，作者提出了HCRNet，一个新识别环状RNA- RBP结合事件的框架。为了捕捉层次关系，融合多源生物信息来表示环状RNA，包括各种自然语言序列特征。此外，作者开发了一个包含全局期望池的深度时间卷积网络，以详尽的方式利用潜在的核苷酸依赖关系。作者在37个circRNA数据集和31个线性RNA数据集上对HCRNet进行了基准测试，以证明方法的有效性。为了进一步评估模型可行性，作者在包含740个环状RNAs的全长数据集上执行了HCRNet。结果表明，HCRNet通常优于现有的方法。此外，作者还进行了motif分析，以显示HCRNet在环状RNAs上的可解释性。
图2. HCRNet流程概述示意图
文献列表
| 序号 | 主要内容 | 论文标题 | 杂志 | 影响因子 | 单位 |
| 1 | 利用环状RNAs进行体内RNA碱基编辑 | In vivo RNA base editing with circular RNAs | Nat Rev Genet | 53.242 | Nat Rev Genet |
| 2 | CircOGDH是急性缺血性中风的半暗带生物标志物和治疗靶点 | CircOGDH Is a Penumbra Biomarker and Therapeutic Target in Acute Ischemic Stroke | Circ Res | 17.367 | 暨南大学第一附属医院 |
| 3 | HCRNet:使用深度时间卷积网络从CLIP-seq数据中识别高通量环状rna绑定事件 | HCRNet: high-throughput circRNA-binding event identification from CLIP-seq data using deep temporal convolutional network | Brief Bioinform | 11.622 | 吉林大学 |
| 4 | circCUL2通过激活myd88依赖的NF-κB信号通路，在胰管腺癌中诱导炎症性CAF表型 | circCUL2 induces an inflammatory CAF phenotype in pancreatic ductal adenocarcinoma via the activation of the MyD88-dependent NF-κB signaling pathway | J Exp Clin Cancer Res | 11.161 | 中山大学孙逸仙纪念医院，南方医科大学，华南理工大学，广东省人民医院 |
| 5 | 脊髓韧带老化的表观遗传修饰 | Epigenetic modifications in spinal ligament aging | Ageing Res Rev | 10.895 | 北京大学第三医院骨科 |
| 6 | 疾病中的环状RNA:基本特性和生物医学意义 | Circular RNA in disease: Basic properties and biomedical relevance | Wiley Interdiscip Rev RNA | 9.957 | 重庆大学 |
| 7 | CircNEIL3通过抑制miR-1184上调PIF1，介导焦缩影响肺腺癌放疗 | CircNEIL3 mediates pyroptosis to influence lung adenocarcinoma radiotherapy by upregulating PIF1 through miR-1184 inhibition | Cell Death Dis | 8.469 | 成都医学院 |
| 8 | 髓母细胞瘤脑脊液显示代谢物和脂质，提示缺氧和癌症特异性RNAs | Medulloblastoma cerebrospinal fluid reveals metabolites and lipids indicative of hypoxia and cancer-specific RNAs | Acta Neuropathol Commun | 7.801 | 佛罗里达大学，约翰霍普金斯大学 |
| 9 | scanMiR:一种基于生物化学的多功能、高效的microRNA靶区预测工具 | scanMiR: a biochemically-based toolkit for versatile and efficient microRNA target prediction | Bioinformatics | 6.937 | University of Zürich， |
| 10 | 环状RNA甲基化促进肺纤维化的联合作用 | The Combined Effects of circRNA Methylation Promote Pulmonary Fibrosis | Am J Respir Cell Mol Biol | 6.914 | 东南大学生理学系 |
| 11 | 环状RNA hsa_circ_0083756通过海绵吸入miR-558和调节TREM1表达促进椎间盘退变 | Circular RNA hsa_circ_0083756 promotes intervertebral disc degeneration by sponging miR-558 and regulating TREM1 expression | Cell Prolif | 6.831 | 中山大学第一附属医院 |
| 12 | 在细胞模型中失配结合配体上调反剪接反应产生环状RNA | Mismatch binding ligand upregulated back-splicing reaction producing circular RNA in a cellular model | Chem Commun (Camb) | 6.222 | 大阪大学工业科学研究所 |
| 13 | 环状RNA circ_0001459通过miR-6165/IGF1R轴加速肝细胞癌进展 | Circular RNA circ_0001459 accelerates hepatocellular carcinoma progression via the miR-6165/IGF1R axis | Ann N Y Acad Sci | 5.691 | 东南大学医学院 |
| 14 | 环状RNA circSHPRH通过调控miR-942/BARX2通路抑制膀胱癌的恶性行为 | Circular RNA circSHPRH inhibits the malignant behaviors of bladder cancer by regulating the miR-942/BARX2 pathway | Aging (Albany NY) | 5.682 | 广东医科大学第二附属医院，中山大学孙逸仙纪念医院 |
| 15 | Hsa_circ_0072309增强胶质母细胞瘤的自噬和TMZ敏感性 | Hsa_circ_0072309 enhances autophagy and TMZ sensitivity in glioblastoma | CNS Neurosci Ther | 5.243 | 武汉大学人民医院 |
| 16 | 环状RNA hsa_circ_0001394通过靶向miR-527/UBE2A轴促进肝细胞癌进展 | The circular RNA hsa_circ_0001394 promotes hepatocellular carcinoma progression by targeting the miR-527/UBE2A axis | Cell Death Discov | 5.241 | 南京中医药大学南京第二医院 |
| 17 | 基因组引导条形码及其在萨尔科病毒进化研究中的应用 | Genomic Bootstrap Barcodes and Their Application to Study the Evolution of Sarbecoviruses | Viruses | 5.048 | 索邦大学 |
| 18 | 雷公藤甲素通过调节hsa-circ-0003353/microRNA-31-5p/CDK1轴抑制类风湿性关节炎成纤维细胞样滑膜细胞的细胞生长和炎症反应 | Triptolide inhibits cell growth and inflammatory response of fibroblast-like synoviocytes by modulating hsa-circ-0003353/microRNA-31-5p/CDK1 axis in rheumatoid arthritis | Int Immunopharmacol | 4.932 | 安徽中医药大学第一附属医院 |
| 19 | Hsa_circ_0007059通过靶向microRNA-378和microRNA-383促进缺血心肌细胞凋亡和炎症反应 | Hsa_circ_0007059 promotes apoptosis and inflammation in cardiomyocytes during ischemia by targeting microRNA-378 and microRNA-383 | Cell Cycle | 4.534 | 黑龙江省人民医院老年心脏科 |
| 20 | 胡杨SPL家族转录因子的鉴定及调控网络分析多晶型的叶子 | Identification and regulatory network analysis of SPL family transcription factors in Populus euphratica Oliv. heteromorphic leaves | Sci Rep | 4.379 | 桂林旅游学院休闲与健康学院 |
| 21 | Circ_0001821通过调控miR-148a-3p/EGFR轴，激活PI3K/Akt通路参与皮肤鳞状细胞癌的发生发展 | Circ_0001821 contributes to the development of cutaneous squamous cell carcinoma by regulating miR-148a-3p/EGFR axis and activating PI3K/Akt pathway | Mol Cell Biol | 4.272 | 重庆市中医院皮肤科 |
| 22 | 辣椒花青素生物合成对光的响应的转录组和miRNA分析 | Response of anthocyanin biosynthesis to light by strand-specific transcriptome and miRNA analysis in Capsicum annuum | BMC Plant Biol | 4.215 | 海南大学园艺学院 |
| 23 | circ-CDK14的沉默通过miR-198/E2F2轴抑制骨肉瘤进展 | Silencing of circ-CDK14 suppresses osteosarcoma progression through the miR-198/E2F2 axis | Exp Cell Res | 3.905 | 吉林大学第二医院骨科 |
| 24 | Circ_0110251过表达通过调节miR-3189-3p/SPRY1轴减轻il -1β诱导的软骨细胞凋亡和细胞外基质降解 | Circ_0110251 overexpression alleviates IL-1β-induced chondrocyte apoptosis and extracellular matrix degradation by regulating miR-3189-3p/SPRY1 axis in osteoarthritis | Autoimmunity | 2.815 | 甘肃省中医院急诊骨科 |
| 25 | Circ_0025033缺失通过调节miR-532-3p/FOXM1网络抑制紫杉醇耐药卵巢癌细胞的恶性发展 | Circ_0025033 deficiency suppresses paclitaxel resistance and malignant development of paclitaxel-resistant ovarian cancer cells by modulating the miR-532-3p/FOXM1 network | Immunopharmacol Immunotoxicol | 2.730 | 广东省妇女儿童医院妇科 |
| 26 | circBIRC6通过调控microRNA-217/淀粉样beta前体蛋白结合蛋白2轴参与非小细胞肺癌的发生 | circBIRC6 contributes to the development of non-small cell lung cancer via regulating microRNA-217/amyloid beta precursor protein binding protein 2 axis | Chin Med J (Engl) | 2.628 | 上海交通大学医学院附属上海第九人民医院 |
| 27 | circBIRC6通过调控microRNA-217/淀粉样beta前体蛋白结合蛋白2轴参与非小细胞肺癌的发生 | circBIRC6 contributes to the development of non-small cell lung cancer via regulating microRNA-217/amyloid beta precursor protein binding protein 2 axis | Chin Med J (Engl) | 2.628 | 上海交通大学医学院附属上海第九人民医院胸外科 |
| 28 | CircRNA_0008194作为一种ceRNA，通过抑制miR-190a/AHNAK信号通路促进肝细胞癌的侵袭 | CircRNA_0008194 functions as a ceRNA to promote invasion of hepatocellular carcinoma via inhibiting miR-190a/AHNAK signaling pathway | J Clin Lab Anal | 2.352 | 南京医科大学第二附属医院 |
| 29 | Hsa_circ_0041268通过海绵吸除miR-214-5p/ROCK1促进NSCLC进展 | Hsa_circ_0041268 promotes NSCLC progress by sponging miR-214-5p/ROCK1 | J Clin Lab Anal | 2.352 | 上海交通大学医学院附属仁济医院，上海医药卫生大学嘉定中心医院 |
| 30 | Hsa_circ_0048674通过调控miR-223-3p/PDL1促进肝细胞癌进展和自然杀伤细胞衰竭 | Hsa_circ_0048674 facilitates hepatocellular carcinoma progression and natural killer cell exhaustion depending on the regulation of miR-223-3p/PDL1 | Histol Histopathol | 2.303 | 广州中医药大学，广州市番禺中医院肿瘤内科 |
| 31 | 【非编码RNA在急性肾损伤发病机制中的作用及机制】 | [Role and mechanism of non-coding RNA in the pathogenesis of acute kidney injury] | Sheng Li Xue Bao | Not Found | 南方医科大学南方医院肾脏病科 |