欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计38篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]

 

1、套细胞淋巴瘤环状RNA的表达模式和预后潜力:MCL2和MCL3临床试验中患者的研究

标题:Expression patterns and prognostic potential of circular RNAs in mantle cell lymphoma: a study of younger patients from the MCL2 and MCL3 clinical trials

杂志:Leukemia

影响因子:11.522

通讯作者: Kirsten Grønbæk(丹麦 哥本哈根大学)

 

套细胞淋巴瘤是一种罕见的B细胞淋巴瘤,其特点是染色体易位t(11;14)(q13;q32)并导致cyclin D1过表达。套细胞淋巴瘤占所有非霍奇金淋巴瘤的3-10%,发病率约为0.4/10万人/年。套细胞淋巴瘤是一种异质性疾病,其被认为是一种侵袭性淋巴瘤,一经诊断即需治疗。目前对套细胞淋巴瘤诊治研究需要强有力的预后生物标志物。在这里,我们探讨了 MCL 中环状 RNA(circRNA)的表达模式和预后相关性。我们使用 RNA 测序分析了 circRNA 表达情况,并使用 NanoString nCounter 技术探索了北欧 MCL2 和 MCL3 临床试验样本中 40 种丰富的 circRNA 的预后潜力。我们报告了在训练队列 MCL2 中开发的基于 circRNA 的特征(circSCORE),该特征可高度预测淋巴瘤进展时间(TTP)和特异性生存(LSS)。在独立验证队列 MCL3 中,在分配到 circSCORE 高风险组的大部分患者中观察到的预后差,在 TTP(HR 3.0;P = 0.0004)和 LSS(HR 3.6;P = 0.001)方面得到证实.结合 MIPI、Ki67 指数、胚样形态和 TP53 突变的 Cox 多元回归分析中,circSCORE 保留了 TTP(HR 3.2;P = 0.01)和 LSS(HR 4.6;P = 0.01)的预后意义。总之,circRNAs 是 MCL 中很有前景的预后生物标志物,circSCORE 提高了接受含阿糖胞苷化学免疫疗法和自体干细胞移植治疗的年轻患者对高危疾病的识别。

 

2、MGRCDA:预测CircRNA-疾病关联的Metagraph推荐算法

标题:MGRCDA: Metagraph Recommendation Method for Predicting CircRNA-Disease Association

杂志:IEEE Trans Cybern.

影响因子:11.441

通讯作者:李坚强教授(深圳大学)

越来越多的临床证据,表明circRNAs可以成为各种疾病的新治疗靶点,对人类健康发挥关键作用。然而,受限于circRNA的复杂机制,在湿实验室实验中难以快速、大规模地探索疾病与circRNA之间的关系。在这项工作中,我们基于Metagraph推荐理论设计了一个新的计算模型 MGRCDA 来预测潜在的 circRNA 疾病关联。具体来说,我们首先将circRNA-疾病关联预测问题作为系统推荐问题,根据异构生物网络设计一系列Metagraph;然后提取疾病的语义信息和circRNA与疾病的高斯相互作用特征核(GIPK)相似度作为网络属性;最后,通过指示Metagraph算法的迭代搜索,计算circRNA-disease pair的得分。在标准数据集circR2Disease上,MGRCDA实现了92.49%的预测准确率,ROC曲线下面积为0.9298,明显高于其他最先进的模型。此外,在模型推荐的前 30 个疾病相关 circRNA 中,有 25 个已被最新发表的文献验证。实验结果证明MGRCDA是可行且高效的,可以为进一步的湿实验室实验推荐可靠的候选者,缩小实验范围。

 

3、环状 RNA hsa_circ_0000277吸附miR-4766-5p上调 LAMA1 并促进食管癌进展

标题:Circular RNA hsa_circ_0000277 sequesters miR-4766-5p to upregulate LAMA1 and promote esophageal carcinoma progression

杂志:Cell Death Dis.

影响因子:8.46

通讯作者:韩新巍教授(郑州大学第一附属医院)

 

越来越多的证据表明,环状 RNA(circRNA)在多种癌症中作为功能性 RNA 发挥着关键作用。然而,大多数涉及食管鳞状细胞癌(ESCC)的 circRNA 仍未明确,并且由 circRNA 介导的潜在分子机制在很大程度上尚不清楚。在这里,我们筛选了 ESCC 组织中的人类 circRNA 表达谱,发现与正常对照相比,ESCC 组织和细胞系中 hsa_circ_0000277(称为 circPDE3B)的表达显著增加。此外,ESCC 患者中较高的 circPDE3B 表达与晚期肿瘤淋巴结转移(TNM)分期和不良预后相关。功能实验表明,circPDE3B在体外和体内促进了ESCC细胞的肿瘤发生和转移。从机制上讲,生物信息学分析、双荧光素酶报告基因检测和抗 AGO2 RNA pulldown实验表明,circPDE3B 可以通过吸附 miR-4766-5p 来消除对靶基因层粘连蛋白 α1 的抑制作用,从而充当竞争性内源 RNA(ceRNA)发挥作用。此外,LAMA1 在 ESCC 组织中显著上调,并与侵袭性致癌表型呈正相关。更重要的是,功能挽救实验表明,circPDE3B 在 ESCC 中的致癌作用部分依赖于 miR-4766-5p/LAMA1 轴。此外,生物信息学分析结合验证实验表明,上皮间质转化 (EMT) 激活参与了 ESCC 中 circPDE3B-miR-4766-5p/LAMA1 轴的致癌功能。总之,我们首次证明 circPDE3B/miR-4766-5p/LAMA1 轴作为致癌因子通过诱导 EMT 促进 ESCC 细胞增殖、迁移和侵袭,暗示其在 ESCC 中具有潜在的预后和治疗意义。

图注:食管癌中差异表达circRNA筛选验证

 

文献列表

序号 主要内容 论文标题 杂志 IF 单位
1 套细胞淋巴瘤环状RNA的表达模式和预后潜力:MCL2和MCL3临床试验中患者的研究 Expression patterns and prognostic potential of circular RNAs in mantle cell lymphoma: a study of younger patients from the MCL2 and MCL3 clinical trials Leukemia 11.522 哥本哈根大学等
2 MGRCDA:预测CircRNA-疾病关联的Metagraph推荐算法 MGRCDA: Metagraph Recommendation Method for Predicting CircRNA-Disease Association IEEE Trans Cybern. 11.441 深圳大学等
3 环状 RNA hsa_circ_0000277吸附miR-4766-5p上调 LAMA1 并促进食管癌进展 Circular RNA hsa_circ_0000277 sequesters miR-4766-5p to upregulate LAMA1 and promote esophageal carcinoma progression Cell Death Dis. 8.46 郑州大学第一附属医院等
4 大动脉粥样硬化性卒中外周血外泌体circRNAs的综合分析 Comprehensive Analysis of Peripheral Exosomal circRNAs in Large Artery Atherosclerotic Stroke Front Cell Dev Biol. 6.683 青岛大学附属医院等
5 CircUBAP2通过海绵吸附miR-194-3p在肝细胞癌中促进MMP9介导的致癌作用 CircUBAP2 Promotes MMP9-Mediated Oncogenic Effect via Sponging miR-194-3p in Hepatocellular Carcinoma Front Cell Dev Biol. 6.683 浙江大学等
6 N(6)-甲基腺苷修饰环状RNA在病理生理过程中的作用 The Role of N(6) -Methyladenosine Modified Circular RNA in Pathophysiological Processes Int J Biol Sci.Review 6.584 重庆大学等
7 镉通过牛乳腺上皮细胞和小鼠乳腺中的 circ08409/miR-133a/TGFB2 轴促进细胞凋亡和炎症 Cadmium promotes apoptosis and inflammation via the circ08409/miR-133a/TGFB2 axis in bovine mammary epithelial cells and mouse mammary gland Ecotoxicol Environ Saf. 6.291 伊利诺伊大学等
8 小檗碱通过调节环状 RNA 的表达使人肝癌细胞对瑞戈非尼敏感 Berberine Sensitizes Human Hepatoma Cells to Regorafenib via Modulating Expression of Circular RNAs Front Pharmacol. 5.811 广州医科大学第二附属医院等
9 三角型肝炎病毒 (HDV) 和 Delta 样病原体:深入了解其起源 Hepatitis Delta Virus (HDV) and Delta-Like Agents: Insights Into Their Origin Front Microbiol.Review 5.64 墨尔本大学等
10 非编码 RNA:血脑屏障通透性的广泛交互调节剂 Non-coding RNAs: the extensive and interactive regulators of the blood-brain barrier permeability RNA Biol. 4.654 华中农业大学等
11 circRNAs高通量筛选揭示了结节性硬化病相关肾血管脂肪瘤的新型机制 High-throughput screening of circRNAs reveals novel mechanisms of tuberous sclerosis complex-related renal angiomyolipoma Hum Genomics 4.633 成都市第二人民医院等
12 circARL15 通过调节 miR-431-5p/DISC1 在椎间盘退变中起关键作用 circARL15 Plays a Critical Role in Intervertebral Disc Degeneration by Modulating miR-431-5p/DISC1 Front Genet. 4.593 安徽医科大学附属阜阳医院等
13 从细胞功能到环状 RNA 实用前景的提示 Hints From the Cellular Functions to the Practical Outlook of Circular RNAs Front Genet.Review 4.593 伊朗医科大学等
14 Hsa_circ_0008360 海绵吸附 miR-186-5p 靶向 CCND2 调节高糖诱导的血管内皮功能障碍 Hsa_circ_0008360 sponges miR-186-5p to target CCND2 to modulate high glucose-induced vascular endothelial dysfunction Cell Cycle. 4.534 浙江大学医学院附属第一医院等
15 一种新型环状RNA,circPUS7通过海绵吸附miR-770调节KRAS表达促进镉诱导的人支气管上皮细胞转化 A novel circular RNA, circPUS7 promotes cadmium-induced transformation of human bronchial epithelial cells by regulating KRAS expression via sponging miR-770 Metallomics. 4.523 华中科技大学同济医学院等
16 环状 RNA 数据集景观揭示了早期肺腺癌检测和预后的潜在特征 A circular RNAs dataset landscape reveals potential signatures for the detection and prognosis of early-stage lung adenocarcinoma BMC Cancer. 4.431 吉林大学第三医院等
17 外泌体 hsa_circRNA_104484 和 hsa_circRNA_104670 可作为脓毒症潜在的新型生物标志物和治疗靶点 Exosomal hsa_circRNA_104484 and hsa_circRNA_104670 may serve as potential novel biomarkers and therapeutic targets for sepsis Sci Rep. 4.374 吉林大学第二医院等
18 环状RNA hsa_circ_0005046 和hsa_circ_0001791 可能成为乳腺癌早期检测的诊断生物标志物 Circular RNA hsa_circ_0005046 and hsa_circ_0001791 May Become Diagnostic Biomarkers for Breast Cancer Early Detection J Oncol. 4.37 伊朗Shahid Beheshti医科大学等
19 Circ_0001667敲低通过在乳腺癌中释放miR-4458来消耗NCOA3来阻止癌症进展并减弱阿霉素耐药 Circ_0001667 knockdown blocks cancer progression and attenuates adriamycin resistance by depleting NCOA3 via releasing miR-4458 in breast cancer Drug Dev Res. 4.36 恩施州中心医院等
20 circALPL 海绵吸附 miR-127 通过增强 MTDH 表达促进胃癌进展 circALPL Sponges miR-127 to Promote Gastric Cancer Progression by Enhancing MTDH Expression J Cancer. 4.202 衡阳市中心医院等
21 Hsa_circ_0069244作为miR-346的海绵通过调节XPC表达抑制非小细胞肺癌进展 Hsa_circ_0069244 acts as the sponge of miR-346 to inhibit non-small cell lung cancer progression by regulating XPC expression Hum Cell. 4.173 郑州大学第一附属医院等
22 变应性鼻炎中的circRNA表达谱和circRNA-miRNA-mRNA串扰 CircRNA expression profiles and circRNA-miRNA-mRNA crosstalk in allergic rhinitis World Allergy Organ J. 4.084 南京医科大学等
23 Circ_0003423 通过 miR-589-5p/TET2 网络减轻 ox-LDL 诱导的人脑微血管内皮细胞损伤 Circ_0003423 Alleviates ox-LDL-Induced Human Brain Microvascular Endothelial Cell Injury via the miR-589-5p/TET2 Network Neurochem Res. 3.99 海南医科大学第二附属医院等
24 Hsa_circRNA_000543 通过调节 miR-567/ZNF268 轴预测不良预后并促进宫颈癌细胞进展 Hsa_circRNA_000543 Predicts Poor Prognosis and Promotes Cervical Cancer Cell Progression Through Regulating miR-567/ZNF268 Axis Cancer Manag Res. 3.983 徐州医科大学武进临床学院等
25 CircASXL1 敲低通过海绵吸附 miR-206 抑制缺氧诱导的 DDP 耐药性和 NSCLC 进展 CircASXL1 Knockdown Restrains Hypoxia-Induced DDP Resistance and NSCLC Progression by Sponging miR-206 Cancer Manag Res. 3.983 湖北荆门市第一人民医院等
26 与山羊多杀巴斯德氏菌免疫反应相关的肺 circRNA 的全基因组差异表达分析 Genome-Wide Differential Expression Profiling of Pulmonary circRNAs Associated With Immune Reaction to Pasteurella multocida in Goats Front Vet Sci. 3.411 海南大学等
27 在鸭肠炎沙门氏菌感染期间具有潜在免疫调节作用的差异表达非编码 RNA 网络的鉴定 Identification of Differentially Expressed Non-coding RNA Networks With Potential Immunoregulatory Roles During Salmonella Enteritidis Infection in Ducks Front Vet Sci. 3.411 扬州大学等
28 环状RNA_NLRP1靶向小鼠microRNA-199b-3p调节缺氧葡萄糖暴露下海马神经元的凋亡和焦亡 Circular RNA _NLRP1 targets mouse microRNA-199b-3p to regulate apoptosis and pyroptosis of hippocampal neuron under oxygen-glucose deprivation exposure Bioengineered. 3.264 贵州医科大学附属医院等
29 环状RNA PLEC作为microRNA-198的海绵促进胃癌细胞对紫杉醇的耐药性和肿瘤发生 Circular RNA PLEC acts as a sponge of microRNA-198 to promote gastric carcinoma cell resistance to paclitaxel and tumorigenesis Pathol Res Pract. 3.251 新疆医科大学等
30 环状RNA Circ-STIL通过调节miR-345-5p/AQP3轴促进肝细胞癌的细胞生长和转移 Circular RNA Circ-STIL Contributes to Cell Growth and Metastasis in Hepatocellular Carcinoma via Regulating miR-345-5p/AQP3 Axis Dig Dis Sci. 3.193 海南省人民医院等
31 Circ_UBR4敲低通过作用于miR-637/FOXO4通路减轻氧化低密度脂蛋白诱发的人血管平滑肌细胞的生长和迁移 Circ_UBR4 knockdown alleviates oxidized low-density lipoprotein-provoked growth and migration of human vascular smooth muscle cells by acting on the miR-637/FOXO4 pathway J Cardiovasc Pharmacol. 3.102 襄阳市中心医院等
32 环状RNA circNRIP1在骨肉瘤的进展中起致癌作用 Circular RNA circNRIP1 plays oncogenic roles in the progression of osteosarcoma Mamm Genome 2.953 西安市红会医院等
33 中华鳖(Pelodiscus sinensis)性腺中环状RNA的动态表达及功能分析 Dynamic expression and functional analysis of circular RNA in the gonads of Chinese soft-shelled turtles (Pelodiscus sinensis) Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2.673 河南师范大学等
34 环状RNA CDR1as通过靶向miR-876-5p/GNG7轴抑制胃癌转移 Circular RNA CDR1as Inhibits the Metastasis of Gastric Cancer through Targeting miR-876-5p/GNG7 Axis Gastroenterol Res Pract. 2.264 江苏大学医学院等
35 Circ-TFF1 通过调控 miR-338-3p/FGFR1 轴促进乳腺癌的发展 Circ-TFF1 Facilitates Breast Cancer Development via Regulation of miR-338-3p/FGFR1 Axis Biochem Genet. 1.891 咸宁市中医院等
36 circRNA-miRNA-mRNA调控网络的鉴定及其在结直肠癌中的预后作用 Identification of the circRNA-miRNA-mRNA regulatory network and its prognostic effect in colorectal cancer World J Clin Cases. 1.334 中日友好医院等
37 新型肿瘤标志物circRNA研究进展 [Progress in Research on the Novel Tumor Marker circRNA] Zhongguo Yi Xue Ke Xue Yuan Xue Bao 0 浙江省医学科学院等
38 核糖核酸酶 R 有效去除线性 RNA 后,使用 RT-qPCR 验证环状 RNA Validation of Circular RNAs Using RT-qPCR After Effective Removal of Linear RNAs by Ribonuclease R Curr Protoc 0 比利时根特大学等

 

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