欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献25篇，下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。
- RNA环化降低了免疫原性并且可以延长体内蛋白翻译持续时间
论文标题：RNA Circularization Diminishes Immunogenicity and Can Extend Translation Duration In Vivo
杂志：Mol Cell. 影响因子：14.248
通讯作者单位：麻省理工学院
自然界中机体抵御RNA病毒感染时，主要通过RIG-I，TLR-3/7/8等受体对外源RNA分子进行识别，随后激活免疫系统，达到清除病毒的作用。之前有研究表明，体外合成的RNA导入细胞过程中也可触发细胞免疫效应，认为是外源circRNA缺少蛋白保护原因。而该项研究结果否定了上述原因，表明体外环化的RNA分子，通过提高circRNA的纯度和修饰等处理后，可有效避免TLR/RIG-I介导的免疫反应，且RNA分子环化后能更有效翻译蛋白，因此circRNA是一种非常有潜力的转基因载体，在疾病治疗中潜在重要价值。该研究详细解读请看荐读 | 环化的RNA不诱发免疫反应，且可以高效翻译蛋白
图注：基于I型内含子的RNA环化载体构建示意图，本文中使用的环化载体中终产物circRNA包含了柯萨奇病毒的IRES元件（CVB3 IRES），Gaussia荧光素酶（GLuc）和Anabaena pre-tRNA的I型内含子，将其拆分后设计在待环化序列的两侧。在GTP和镁离子存在的条件下，能通过酯交换反应实现自动环化
- CircSERPINE2通过靶向miR-1271和ETS相关基因来预防骨关节炎
论文标题：CircSERPINE2 protects against osteoarthritis by targeting miR-1271 and ETS-related gene
杂志：Ann Rheum Dis. 影响因子：12.35
通讯作者单位：浙江大学医学院
在这项研究中，研究人员证明了circRNA可以作为竞争性内源性RNA来调节骨关节炎（OA）的病理过程。首先对OA和对照软骨组织之间的circRNA表达进行高通量测序。结果表明CircSERPINE2在OA软骨组织中的表达下调与细胞外基质（ECM）的合成代谢因子和分解代谢因子之间的不平衡和过度凋亡直接相关。CircSERPINE2充当miR-1271-5p的海绵，并通过靶向miR-1271-5p和ERG在人软骨细胞（HC）中起作用。OA兔模型关节腔内注射CircSERPINE2腺相关病毒可减轻OA症状。研究结果揭示了新型circRNA-CircSERPINE2在OA进展中的重要作用。CircSERPINE2过表达可通过miR-1271-ERG途径减轻人软骨细胞凋亡并促进ECM的合成代谢，为骨关节炎提供了潜在有效的治疗策略。
图注：circSERPINE2保护骨关节炎功能机制示意图
3、细胞外囊泡长RNA测序揭示人血液中丰富的mRNA，circRNA和lncRNA分子，可作为癌症诊断的潜在生物标志物
论文标题：Extracellular Vesicles Long RNA Sequencing Reveals Abundant mRNA, circRNA, and lncRNA in Human Blood as Potential Biomarkers for Cancer Diagnosis
杂志：Clin Chem. 影响因子：8.636
通讯作者单位：复旦大学肿瘤研究所
细胞外囊泡（EV）含有丰富的不同RNA种类，具有特殊功能和临床应用。然而，人血液中胞外囊泡长链RNA（exLR）的表达特征仍然很大程度上未知。该研究提出了人血浆exLR测序（exLR-seq）的优化策略。exLR测序样本队列包括159名健康个体，150名癌症患者（5种癌症类型）和43名患有其他疾病的患者。结果表明，1-2mL血浆样本中exLR-seq能可靠地检测到超过10000个exLR，包括mRNA，circRNA和lncRNA。我们观察到血液EV含有大部分完整的mRNA和大量的circRNA拼接位点。有趣的是，血液exLR的相对比例可反映它们的组织起源和不同免疫细胞类型。此外，exLR概况可以将癌症患者与健康个体区分开来。进一步研究表明8个exLRs可作为肝细胞癌（HCC）诊断的生物标志物，具有高诊断效率，训练组中 [曲线下面积（AUC）= 0.9527;95％CI，0.9170-0.9883]，验证组（AUC = 0.9825; 95％CI，0.9606-1）和测试组（AUC = 0.9627; 95％CI，0.9263-0.9991）。该研究揭示了人血浆中丰富的exLR，并鉴定了可能对癌症诊断有用的各种特异性标志物。
图注：人血液胞外囊泡长RNA测序（exLR-seq），每个样品平均检测到RNA分子数目，mRNA（11952），circRNA（4738），lncRNA（1022），pseugogene（705）
图注：8个exLR可作为HCC肝癌潜在诊断标志物ROC效能分析
哺乳动物环状RNA的表达和功能筛选深度研究
论文标题：Expanded Expression Landscape and Prioritization of Circular RNAs in Mammals
杂志：Cell Rep. 影响因子：8.032
通讯作者单位：中国科学院北京生命科学研究院
中科院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队利用高通量测序技术对人、猴和小鼠的44个正常组织进行转录组评估，鉴定出大量circRNA分子，并重建72.6%的circRNA全长序列，为circRNA的可变剪切、保守性以及与线性RNA的关系研究提供了重要数据资源。该研究成果已汇总到circAtlas数据库中。circAtlas数据库提供界面友好的数据检索和呈现方式，包括了多项circRNA资源，如circRNA及其宿主基因在各组织中表达值，miRNA和RBP（RNA结合蛋白）预测信息；circRNA在人、猴、小鼠、大鼠、猪、鸡和狗7物种中保守性；circRNA蛋白翻译相关的ORF和IRES信息；文献报道疾病相关的circRNA收录等信息。更详细解读请看circAtlas: 多物种circRNA表达数据库
参考文献列表
| 序号 | 主要内容 | 论文标题 | 杂志 | IF | 单位 |
| 1 | RNA环化降低了免疫原性并且可以延长体内翻译持续时间 | RNA Circularization Diminishes Immunogenicity and Can Extend Translation Duration In Vivo | Mol Cell. | 14.248 | 麻省理工学院 |
| 2 | CircSERPINE2通过靶向miR-1271和ETS相关基因来预防骨关节炎 | CircSERPINE2 protects against osteoarthritis by targeting miR-1271 and ETS-related gene | Ann Rheum Dis. | 12.35 | 浙江大学医学院 |
| 3 | 细胞外囊泡长RNA测序揭示人血液中丰富的mRNA，circRNA和lncRNA作为癌症诊断的潜在生物标志物 | Extracellular Vesicles Long RNA Sequencing Reveals Abundant mRNA, circRNA, and lncRNA in Human Blood as Potential Biomarkers for Cancer Diagnosis | Clin Chem. | 8.636 | 复旦大学肿瘤研究所 |
| 4 | 哺乳动物环状RNA的表达和功能筛选深度研究 | Expanded Expression Landscape and Prioritization of Circular RNAs in Mammals | Cell Rep. | 8.032 | 中国科学院北京生命科学研究院 |
| 5 | 环状RNA circ-DONSON通过转录因子SOX4的NURF复合物依赖性激活促进胃癌的生长和侵袭 | Circular RNA circ-DONSON facilitates gastric cancer growth and invasion via NURF complex dependent activation of transcription factor SOX4 | Mol Cancer. | 7.776 | 哈尔滨医科大学附属第四医院 |
| 6 | 全基因组鉴定和表征生殖系干细胞中的长非编码和环状RNA | Genome-wide identification and characterization of long noncoding and circular RNAs in germline stem cells | Sci Data. | 5.305 | 上海交通大学医学院 |
| 7 | 人和脊椎动物神经视网膜中的环状RNA研究 | Circular RNAs in human and vertebrate neural retinas | RNA Biol. | 5.216 | 温州医科大学 |
| 8 | 结膜黑色素瘤中环状RNA的表达谱 | Altered expression profile of circular RNAs in conjunctival melanoma. | Epigenomics | 4.979 | 上海交大附属第九人民医院 |
| 9 | 环状RNA 0039411通过海绵miR-93-5p参与人体支气管上皮细胞系中氧化钕诱导的炎症和抗增殖作用 | Circular RNA 0039411 is involved in neodymium oxide-induced inflammation and anti-proliferation in a human bronchial epithelial cell line via sponging miR-93-5p | Toxicol Sci. | 4.181 | 广州医科大学 |
| 10 | HeLa细胞凋亡中差异表达环状RNA的转录组学分析 | Transcriptomics Analysis of Circular RNAs Differentially Expressed in Apoptotic HeLa Cells | Front Genet. | 4.151 | 土耳其伊兹密尔理工学院 |
| 11 | 在暴露于禽舍氨气中的鸡胸腺中circRNA和mRNA共表达研究 | The co-expression of circRNA and mRNA in the thymuses of chickens exposed to ammonia | Ecotoxicol Environ Saf. | 3.974 | 东北农业大学 |
| 12 | 通过微阵列技术检测紫外线B重复照射后人成纤维细胞过早衰老的环状RNA表达谱 | Circular RNA expression profile in human fibroblast premature senescence after repeated ultraviolet B irradiations revealed by microarray | J Cell Physiol. | 3.923 | 南京医科大学附属第一医院 |
| 13 | CircRNA-012091 / PPP1R13B介导的ER应激和自噬对矽肺病的肺纤维化反应 | CircRNA-012091/PPP1R13B-Mediated Lung Fibrotic Response in Silicosis via ER Stress and Autophagy | Am J Respir Cell Mol Biol. | 3.785 | 东南大学 |
| 14 | 上调的circ RNA hsa_circ_0000337促进食管鳞状细胞癌的细胞增殖，迁移和侵袭 | Upregulated circ RNA hsa_circ_0000337 promotes cell proliferation, migration, and invasion of esophageal squamous cell carcinoma | Cancer Manag Res. | 3.702 | 南京医科大学 |
| 15 | 综述：血管生物学和疾病中的非编码RNA | Long non-coding RNAs in vascular biology and disease | Vascul Pharmacol. | 3.607 | 歌德大学 |
| 16 | 环状RNA在玉米中表现出广泛的种内变异 | Circular RNAs exhibit extensive intraspecific variation in maize | Planta. | 3.249 | 华中农业大学 |
| 17 | circHDAC9 / microRNA-138 / Sirtuin-1途径介导阿尔茨海默病中的突触和淀粉样蛋白前体蛋白加工缺陷 | Circular HDAC9/microRNA-138/Sirtuin-1 Pathway Mediates Synaptic and Amyloid Precursor Protein Processing Deficits in Alzheimer’s Disease | Neurosci Bull. | 3.155 | 华中科技大学同济医学院 |
| 18 | 环状RNA参与氯沙坦对大鼠缺血再灌注诱导的急性肾损伤的保护作用 | Circular RNA involved in the protective effect of losartan on ischemia and reperfusion induced acute kidney injury in rat model | Am J Transl Res. | 3.061 | 广东省人民医院 |
| 19 | circPTPN22鉴定为系统性红斑狼疮的潜在新诊断指标 | RNA-seq of circular RNAs identified circPTPN22 as a potential new activity indicator in systemic lupus erythematosus | Lupus. | 2.969 | 安徽医科大学 |
| 20 | 成骨分化过程中大鼠牙囊细胞环状RNA表达的变化 | Alteration of circular RNA expression in rat dental follicle cells during osteogenic differentiation | J Cell Biochem. | 2.959 | 中山大学光华口腔医学院 |
| 21 | AZD9291抗性非小细胞肺癌细胞系的环状RNA分析 | Comprehensive analysis of circular RNA profiling in AZD9291-resistant non-small cell lung cancer cell lines | Thorac Cancer. | 2.569 | 上海市胸科医院 |
| 22 | Circ-LAMP1通过作为miR-615-5p的ceRNA调节DDR2表达促进T细胞淋巴母细胞淋巴瘤进展 | Circ-LAMP1 promotes T-cell lymphoblastic lymphoma progression via acting as a ceRNA for miR-615-5p to regulate DDR2 expression | Gene. | 2.498 | 佳木斯市中心医院 |
| 23 | 大脑中动脉闭塞诱导大鼠环状RNA的鉴定及功能分析 | Identification and functional analysis of circular RNAs induced in rats by middle cerebral artery occlusion | Gene. | 2.498 | 安徽中医药大学 |
| 24 | Circ0001429通过结合miR-205-5p和促进VEGFA表达来调节膀胱癌的进展 | Circ0001429 regulates progression of bladder cancer through binding miR-205-5p and promoting VEGFA expression | Cancer Biomark. | 2.392 | NA |
| 25 | 降低hsa_circ_0072387的表达作为口腔鳞状细胞癌的有价值的预测因子 | Decreased expression of hsa_circ_0072387 as a valuable predictor for oral squamous cell carcinoma | Oral Dis. | 2.31 | 青岛大学附属医院 |