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查阅,接下来我们一起浏览5月下旬circRNA研究有哪些进展。

  1. circRNA从胞核中释放出的机制研究

论文题目:A length-dependent evolutionarily conserved pathway controls nuclear export of circular RNAs

杂志:Genes Dev 影响因子:9.431分

通讯作者单位:佩雷尔曼医学院

本文研究者来自宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院,他们重点关注了circRNA的转录后出核机制,这方面的研究还非常少,但并不意味着不重要,通过观测circRNA的出核和细胞定位机制,可以帮助更好地理解circRNA的功能和分子机制。研究者通过果蝇shRNA筛选模型,发现Hel25E是介导circRNA转录后出核的重要调控因子,随后在人中找到了Hel25E的同源蛋白UAP56 (DDX39B) 和URH49 (DDX39A)同样可介导circRNA的出核,意味该现象可能是一种普遍机制,进一步研究发现一个有趣的现象,circRNA出核受circRNA本身序列长度的影响。本文的具体解读可参看我们公众号“重磅!circRNA出核机制取得重大进展”的微信文章。

图1:circRNA(长/短序列)出核分子机制示意图(Hopper AK,et al.2018. Genes Dev)

  1. circRNA在Twist1调控肝癌转移EMT过程中机制研究

论文题目:Twist1 regulates Vimentin through Cul2 circular RNA to promote EMT in hepatocellular carcinoma

杂志:Cancer Res 影响因子:9.122

通讯作者单位:南开大学

以往研究表明Twist是肿瘤转移EMT过程中的非常重要转录因子之一,它可以上调波形蛋白Vimentin蛋白的表达,进而促进肿瘤发生上皮间质转化(EMT),但其中具体机制尚不清楚。Twist转录因子可以结合Cul2基因的启动子区域选择性激活Cul2—circRNA(circ-

10720)的表达,但不影响cul2 mRNA的表达水平。circ-10720与Twist表达水平、肝癌恶性程度正相关,circ-10720可通过吸附靶向vimentin蛋白的miRNA,提高vimentin的蛋白表达水平,敲低circ-10720后可抵消Twist促进肝癌发展的进程。TetOn-Twist1转基因小鼠模型中同样观测到这种现象。该研究表明了circRNA在肿瘤EMT过程中的重要作用,也揭示了Twist上调Vimentin蛋白促进肝癌转移的分子机制,为肝癌的治疗了提供了潜在的分子靶标。

图2:circ-10720在Twist1调控肝癌转移EMT过程中分子机制模式图

3、circIRAK3通过吸附miR-3607促进乳腺癌转移

论文题目:CircIRAK3 sponges miR-3607 to facilitate breast cancer metastasis

杂志:Cancer Lett 影响因子:6.375

通讯作者单位:南京医科大学

肿瘤转移是肿瘤致死的重要因素之一,揭示其分子机制,遏制肿瘤转移一直是医学科研的重要任务,但肿瘤转移过程中涉及的分子机制异常复杂,本文研究者主要关注circRNA在乳腺癌转移过程中的分子功能机制。研究者发现circIRAK3在乳腺癌转移细胞中异常高表达,体外功能获得性和缺失性研究发现,circIRAK3可促进乳腺癌细胞的转移和侵袭,但不影响细胞增殖。RNA免疫沉淀和荧光素酶报告基因实验表明circIRAK3可通过吸附miR-3607,下调其表达,进一步研究表明circIRAK3/miR-3607的下游靶基因为FOXC1,而FOXC1进一步可结合到IRAK3的启动子区域,形成正反馈回路,维持circIRAK3/miR-3607/FOXC1通路的持续激活。该研究为乳腺癌的转移治疗提供了潜在新的circRNA治疗靶标。

图3:circIRAK3通过miRNA sponge功能调控FOXC1的表达

4、人喉鳞状细胞癌中circRNA的RNA-seq表达谱

论文题目:RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

杂志:Mol Cancer 影响因子:6.204

通讯作者单位:北京友谊医院

人喉鳞状细胞癌LSCC是起源于喉黏膜上皮组织的恶性肿瘤,是头颈部肿瘤中恶性程度非常强的肿瘤,世界范围内每年发生率占比2.4%,近年内还有逐渐增加趋势。CircRNA作为一种新兴的分子,在人体各组织中均有特异表达,参与机体的各类生理病理过程,本研究主要关注circRNA在LSCC疾病中的表达情况,通过RNA-seq高通量测序技术,研究者观测分析了10例LSCC患者临床标本(2例高分化、3例为中分化、 5例正常)中的circRNA表达情况。共鉴定出21444个circRNA,其中在LSCC中显著上调的circRNA 29个,显著下调circRNA 19个,进一步结合临床特征(高分化,中分化和正常)进行分类,将差异表达circRNA缩小到18个和5个。CircRNA-miRNA-mRNA调控网络预测分析,发现20个失调控circRNA与多种肿瘤相关的miRNA相关,信号通路KEGG富集分析发现,过氧化物酶体PPAR、轴突导向、Wnt和细胞周期通路与LSCC密切相关。随后的qPCR验证结果显示,circ:chr20:31876585–31,897,648可以很好区分LSCC标本和正常标本,表明circRNA作为LSCC潜在理想标志物。

图4:LSCC样本中circRNA差异表达谱

文献列表

序号 论文标题 杂志 IF 单位
1 A length-dependent evolutionarily conserved pathway controls nuclear export of circular RNAs。

依赖序列长度的保守性信号通路控制circRNA出核

Genes Dev. 9.431 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院
2 Twist1 regulates Vimentin through Cul2 circular RNA to promote EMT in hepatocellular carcinoma。

Twist1通过cul2(circRNA)调控波形蛋白Vimentin的表达促进肝癌EMT过程

Cancer Res. 9.122 南开大学
3 CircIRAK3 sponges miR-3607 to facilitate breast cancer metastasis。

CircIRAK3通过竞争性吸附miR-3607调控乳腺癌侵袭转移过程

Cancer Lett. 6.375 南京医科大学
4 RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

RNA-seq分析人喉鳞状细胞癌中circRNA表达谱

Mol Cancer. 6.204 北京友谊医院
5 Profiling and functional analysis of circular RNAs in acute promyelocytic leukemia and their dynamic regulation during all-trans retinoic acid treatment.

对急性早幼粒细胞白血病中circRNA表达谱和功能分析及其在全反式视黄酸治疗中的动态调控研究

Cell Death Dis 5.965 瑞金医院
6 The Landscape of Circular RNA Expression Profiles in Papillary Thyroid Carcinoma Based on RNA Sequencing.

基于高通量测序的乳头状甲状腺癌中circRNA表达谱研究

Cell Physiol Biochem 5.104 浙江省肿瘤医院
7 Genome-wide analysis of circular RNAs in bovine cumulus cells treated with BMP15 and GDF9。

生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白15(BMP15)处理牛卵丘细胞后circRNA表达谱研究

Sci Rep. 4.259 吉林大学
8 Circular RNAs: a new class of biomarkers as a rising interest in laboratory medicine。

综述:实验医学对新兴标志物circRNA越来越感兴趣

Clin Chem Lab Med. 3.432 柏林健康研究所
9 Circular RNAs profiling in the cystathionine-β-synthase mutant mouse reveals novel gene targets for hyperhomocysteinemia induced ocular disorders。

胱硫醚合成酶突变小鼠中circRNA可能是高同型半胱氨酸血症引起的眼部疾病的新基因靶点

Exp Eye Res. 3.332 路易斯维尔大学医学院
10 Circular RNAs are differentially expressed in liver ischemia/reperfusion injury model。

环状rna在肝脏缺血/再灌注损伤模型中的差异表达研究

J Cell Biochem. 3.085 中山大学第三附属医院
11 circSMAD2 inhibits the epithelial-mesenchymal transition by targeting miR-629 in hepatocellular carcinoma.circSMAD2通过吸附miR-629来抑制肝癌细胞的上皮间质间的转变 Onco Targets Ther 2.612 武汉大学中南医院
12 Circular RNA circZFR contributes to papillary thyroid cancer cell proliferation and invasion by sponging miR-1261 and facilitating C8orf4 expression. 环状RNA circZFR通过miR-1261/C8orf4的促进乳头状甲状腺癌细胞增殖和侵袭 Biochem Biophys Res Commun 2.466 济南妇幼保健医院
13 Circular RNA hsa_circ_0008039 promotes breast cancer cell proliferation and migration by regulating miR-432-5p/E2F3 axis。 hsa_circ_0008039调控 miR-432-5p/E2F3 轴促进乳腺癌细胞增殖和转移 Biochem Biophys Res Commun 2.466 徐州中心医院
14 circRNA_0084043 promote malignant melanoma progression via miR-153-3p/Snail axis。 circRNA_0084043通过 miR-153-3p/Snail 轴促进黑色素瘤发展 Biochem Biophys Res Commun 2.466 江苏大学附属人民医院
15 Identification and characterization of circular RNAs in rapid atrial pacing dog atrial tissue。

犬急性心房颤动模型组织中circRNA表达谱研究

Biochem Biophys Res Commun 2.466 天津医科大学第二医院
16 The Circular RNA hsa_circ_0001445 Regulates the Proliferation and Migration of Hepatocellular Carcinoma and May Serve as a Diagnostic Biomarker。环状RNA hsacirc0001445调节肝细胞癌的增殖和迁移,并可作为诊断生物标志物 Dis Markers. 2.348 华中科技大学
17 Expression profile of circular RNAs in infantile hemangioma detected by RNA-Seq 。RNA-Seq检测婴儿血管瘤中环状rna的表达谱 Medicine (Baltimore). 1.804 南京妇幼保健医院
18 Circular RNA Myosin Light Chain Kinase (MYLK) Promotes Prostate Cancer Progression through Modulating Mir-29a Expression. circMYLK通过调控Mir-29a表达来促进前列腺癌的发展。 Med Sci Monit. 1.585 中南大学
19 Decreased expression of hsa_circ_0137287 predicts aggressive clinicopathologic characteristics in papillary thyroid carcinoma。低表达has_circ_0137287与乳头状甲状腺癌的侵袭性临床病理特征相关 J Clin Lab Anal. 1.521 浙江省肿瘤医院

2018年5月下旬circRNA研究汇总

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