下旬circRNA相关文献数量共计20篇,涉及研究方向较丰富,机制方面研究主要还是环绕miRNA sponge展开,其中cancer reaserch杂志发布的circPRKCI促进肺腺癌发展的文章,思路清晰、实验详尽,非常值得参考,下面我们一起解读这篇文献。

circPRKCI促进肺腺癌发生发展

论文题目:The circular RNA circPRKCI promotes tumor growth in lung adenocarcinoma

杂志:cancer research 影响因子:8.55

通讯作者单位:南京医科大学附属肿瘤医院

肺腺癌LAC是目前最常见的一种实体肿瘤,研究者在前期的研究中,通过circRNA芯片发现了107个差异表达的circRNAs,通过整合TCGA肺腺癌的CNVs数据,联合分析发现一个circPRKCI的circRNA分子,该分子起源于PRKCI基因的(染色体3q26.2区异常扩增),并通过后续生物素标记miRNA探针共沉淀等实验,发现circPRKCI可吸附miR-545和miR-589后,上调E2F7进而促进肺腺癌的发展。

CircPRKCI促进肺腺癌发展的分子机制示意图

一、circPRKCI表达水平研究

图注: A,circRNA在5对肺腺癌中的表达热图展示;B:circos图展示circRNA和宿主基因的表达模式,内圈为circRNA,外圈为宿主基因。

图注:C图联合TCGA的CNV数据筛选基因扩增或缺失区域的circRNAs;D图circPRKCI来源于PRKCI15,16号外显子反向剪接示意图;E图RTPCR检测circPRKCI。

图注:LAC肺腺癌细胞中RNase R处理后qPCR检测circRNA和宿主基因的表达水平,circPRKCI耐受RNA酶消化。

图注:circPRKCI在48对肺腺癌患者组织标本中高表达,且与肿瘤级别正相关。

图注:E图生存分析发现circPRKCI高表达的患者生存期更短;F图cox多元回归分析发现circPRKCI表达是不良预后的独立预测因素。

二、circPRKCI促进肺腺癌细胞恶性增殖

图注:a图siRNA干扰circPRKCI设计示意图;b和c图qPCR检测siRNA干扰和过表达质粒处理后circPRKCI的表达水平,d、e、f图克隆形成、EdU和CCK8实验表明circPRKCI促进SPC-A1细胞增殖;G图干扰circPRKCI后细胞周期阻滞在G1期;H图transwell实验表明circPRKCI促进肺腺癌癌细胞SPC-A1侵袭。

三、circPRKCI吸附miR-545和miR-589上调E2F7表达

图注:a、b图显示经FISH实验表明circPRKCI主要定位在细胞质;c图用抗Ago2蛋白抗体RIP实验表明circPRKCI与Ago2结合;D图生物素标记 miR-545, miR-589, miR-600, miR-144 and miR-670免疫沉淀后检测circPRKCI的表达;e图Ago2 RIP实验表明Ago2蛋白可显著富集miR-545和miR-589;F图siRNA干扰circPRKCI不影响miR-545, miR-589表达水平;g图miR-545, miR-589不影响circPRKCI的表达;H、i、j、k图E2F7是miR-545, miR-589的靶基因

图注:荧光素酶报告基因等实验进一步证明miR-545, miR-589调控E2F7.

四、circPRKCI通过结合miR-545, miR-589促进肺腺癌细胞增殖

图注:功能挽救实验证明circPRKCI通过miRNA发挥促癌功能

五:体内动物实验证明circPRKCI促进LAC肿瘤形成

图注:裸鼠肺腺癌皮下移植模型结果显示circPRKCI是潜在的治疗靶标。

circRNA文献汇总表:

序号 主要内容 论文标题 杂志 IF 单位
1 circPRKCI促进肺腺癌肿瘤增殖 The circular RNA circPRKCI promotes tumor growth in lung adenocarcinoma cancer research 8.55 南京医科大学附属肿瘤医院
2 利用CRISPR研究肝癌细胞ceRNA网络机制 Competing endogenous RNA network: Potential entrants to gene editing in Hepatocellular Carcinoma biorxiv NA 艾因夏姆斯大学
3 circFGFR4通过结合mir107解除wnt3a抑制促进成肌细胞分化 circFGFR4 Promotes Differentiation of Myoblasts via Binding miR-107 to Relieve Its Inhibition of Wnt3a Molecular Therapy: Nucleic Acids 6.39 西北农林科技大学
4 外泌体中RNA分子在癌症中的作用机制综述 The decade of exosomal long RNA species: an emerging cancer antagonist. Mol Cancer 6.2 南昌大学第三附属医院
5 circHIPK3竞争吸附miR-7促进结肠癌增殖和侵袭研究 CircHIPK3 promotes colorectal cancer growth and metastasis by sponging miR-7 Cell Death Dis 5.97 南京医科大学第一医院
6 circHECTD1通过HECTD1促进二氧化硅诱导的肺内皮细胞间质转化 circHECTD1 promotes the silica-induced pulmonary endothelial-mesenchymal transition via HECTD1 Cell Death Dis 5.97 东南大学医学院
7 过表达circPVT1促进骨肉瘤阿霉素和顺铂耐药研究 Overexpressed circPVT1, a potential new circular RNA biomarker, contributes to doxorubicin and cisplatin resistance of osteosarcoma cells by regulating ABCB1. Int J Biol Sci 3.87 上海第十人民医院
8 RNA-seq和生物信息学对严重痤疮的环状RNA表达谱分析 Circular RNA expression profile analysis of severe acne by RNA-seq and bioinformatics. J Eur Acad Dermatol Venereol. 3.53 广州医科大学皮肤研究所
9 circRNA在心血管疾病中潜在治疗靶标和分子标记物综述 Circular noncoding RNAs as potential therapies and circulating biomarkers for cardiovascular diseases Acta Pharmacologica Sinica 3.33 奥古斯塔大学
10 circRNA作为癌症生物标记物的meta分析 CircRNAs as biomarkers of cancer: a meta-analysis BMC Cancer 3.29 大连理工大学
11 circMAN2B2通过miR1275/FOXK1在肺癌中的作用研究 Circular RNA circMAN2B2 facilitates lung cancer cell proliferation and invasion via miR-1275/FOXK1 axis Biochem Biophys Res Commun 2.47 佳木斯大学附属第一医院
12 大隐静脉曲张患者中circRNA差异表达谱研究 Identification of aberrant circular RNA expression and its potential clinical value in primary great saphenous vein varicosities. Biochem Biophys Res Commun 2.47 复旦大学附属华东医院
13 基因芯片分析胃癌相关circRNAs表达 Identification of Gastric Cancer-Related Circular RNA through Microarray Analysis and Bioinformatics Analysis BioMed Research International 2.32 上海瑞金医院
14 综述-circRNA是连接RNA和DNA的重要桥梁 Circular RNA (circRNA) was an important bridge in the switch from the RNA world to the DNA world J Theor Biol 2.11 德雷克塞尔大学医学院
15 分子和生信分析证实7个circRNAs与膀胱癌增殖转移相关 Molecular and Bioinformatics Analyses Identify 7 Circular RNAs Involved in Regulation of Oncogenic Transformation and Cell Proliferation in Human Bladder Cancer Med Sci Monit 1.59 北京潞河医院
16 组合circRNA预测算法可提高circRNA的鉴别率 Improved circRNA Identification by Combining Prediction Algorithms Front Cell Dev Biol NA 丹麦奥胡斯大学
17 遗传性骨病中circRNA研究综述 Circular RNAs and hereditary bone diseases Intractable Rare Dis Res NA 山东医学科学院
19 基于RNA-seq测序黄萎病菌在棉铃虫体内的环状rna及其目标的鉴定 Identification of circularRNAs and their targets in Gossypium under Verticillium wilt stress based on RNA-seq. PeerJ NA 河南大学
20 心脏来源circRNA的外显子剪接模式研究 Cardiac circRNAs arise mainly from constitutive exons rather than alternatively spliced exons RNA 4.6

 

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