近日，核酸研究领域迎来两大重量级的动态：一是著名的方法学杂志《Methods in Molecular Biology》专门对circRNA的研究方法做了专刊；二是Nucleic Acids Research杂志一年一度的数据库专刊上线。两者均对circRNA的研究有重要价值，在此跟诸位同行共同分享。
1. 《Methods in Molecular Biology》发表circRNA技术方法专刊
著名的方法学杂志《Methods in Molecular Biology》在最近的一期中专门对circRNA的研究方法做了专刊，包含了17篇方法学的文章，涵盖了circRNA分离，验证，分析与功能研究等各个方面。为方便广大同行交流学习，我们将结合公共号近期正做的RNA互作分子分析技术专题系列进行汇总和介绍。敬请大家关注。
专刊的目录截图如下：
图1 《Methods in Molecular Biology》circRNA专刊目录截图
2. 《Nucleic Acids Research》发布2018年度数据库专刊
自1994年以来，Nucleic Acids Research每年定期在1月份刊发数据库专刊，2018年度已是第25期。
本期共收集了181篇文章，其中84篇为之前曾在数据库专刊中报道过的数据库的更新版，82篇为新收录的，还有15篇为最新上线和公布的数据库。核酸方面的数据库包括用于可视化基因组3D结构和RNA结构的数据的3DIV数据库，RNA家族的分级分类的RNArchitecture数据库。蛋白质数据库包括经典的SMART，ELM和MEROPS，也包括GPCRdb和STCRDab等新面孔。在代谢领域，HMDB和Reactome报道增加了新的功能，PULDB数据库则是首次收录。基因组Resource数据库包括Ensembl，UCSC基因组浏览器和ENCODE。还有其他的药学，蛋白质组学等等不同领域的数据库(Fern´andez 2018)。
circRNA相关的数据库
今年的数据库专刊首次收录了两个circRNA相关的数据库：CSCD和exoRBase。CSCD是介绍肿瘤特异性的circRNA表达的数据库。exoRBase是专门收录外泌体中各种RNA分子的数据库，其中包括了circRNA。两个数据库的介绍文章已在论文公布的第一时间做了介绍，在此不再赘述。
RNA研究可能涉及的数据库
在所收录的数据库中有不少是直接与RNA有关的，包括可视化基因组3D结构和RNA结构的数据的3DIV数据库，RNA家族的分级分类的RNArchitecture数据库等等。此外一些常用的基因组和蛋白研究的数据库也是circRNA研究经常会用到的，也一起汇总在这一部分了。下面将与RNA有关的数据库名称，简要介绍和网址汇总如下（表1）：
表1 RNA研究相关数据库（摘自(Fern´andez 2018)）
| 数据库名称 | 简介 | 链接 |
| 3DIV | 基因组或RNA分子的3D展示 | http://kobic.kr/3div |
| ASpedia | 可变剪切数据库 | http://combio.snu.ac.kr/aspedia |
| CSCD | 肿瘤相关circRNA数据库 | http://gb.whu.edu.cn/CSCD |
| EVLncRNAs | 实验验证的lncRNA | http://biophy.dzu.edu.cn/EVLncRNAs/ |
| ExoRBase | 外泌体RNA数据库 | http://www.exoRBase.org |
| GVM | 基因组变异图数据库 | http://bigd.big.ac.cn/gvm/ |
| HCMDB | 人类癌症转移数据库 | http://hcmdb.i-sanger.com/index |
| ICG | 用于RT-qPCR归一化的内部对照基因 | http://icg.big.ac.cn |
| Lnc2Meth | lncRNA与基因组甲基化 | http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth |
| m6AVar | 影响m6A位点的人类变体 | http://m6avar.renlab.org/ |
| miRCarta | miRNA及前体分子 | https://mircarta.cs.uni-saarland.de/ |
| mirTrans | 人类miRNA的细胞特异性转录信息 | http://mcube.nju.edu.cn/jwang/lab/soft/mirtrans/ |
| MSDD | 人类疾病相关miRNA的SNP | http://www.bio-bigdata.com/msdd/ |
| OverGeneDB | 重叠的蛋白质编码基因 | http://overgenedb.amu.edu.pl |
| PIT-DB | 通过转录组学获得的蛋白质组学 | http://pitdb.org |
| qPrimerDB | 200个生物的qPCR引物 | http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb |
| RISE | RNA-RNA相互作用 | http://rise.zhanglab.net |
| RNArchitecture | RNA结构的分类 | http://iimcb.genesilico.pl/RNArchitecture/ |
| Tabloid Proteome | 从质谱推断的蛋白质相关性 | http://iomics.ugent.be/tabloidproteome |
| TissGDB | 癌症组织特异性基因表达 | http://zhaobioinfo.org/TissGDB |
| TranslatomeDB | 翻译组学数据库 | http://www.translatomedb.net/ |
| miRandola | 细胞外循环RNA | http://mirandola.iit.cnr.it/ |
| mirDIP | microRNA数据集成门户 | http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/ |
| MNDR | 哺乳动物ncRNA-疾病库 | http://www.rna-society.org/mndr/ |
| ProteomicsDB | 蛋白质谱数据库 | https://www.ProteomicsDB.org |
| RMDB | RNA结构图 | http://rmdb.stanford.edu |
| TRRUST v2 | 人与小鼠的转录调控回路 | http://www.grnpedia.org/trrust/ |
其他生物医学相关数据库
除了与RNA研究密切相关的，还一起写其他的生物医学相关的数据库，例如人类组织中蛋白-蛋白质相互作用差异的数据库DifferentialNET，疾病相关增强子数据库DiseaseEnhancer等等。具体列表如下：
表2生物医学相关数据库（摘自(Fern´andez 2018)）
| 数据库名称 | 简介 | 链接 |
| AAgMarker | 来自蛋白质组微阵列的血清自身抗原生物标志物 | http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/AAgMarker/index.jsp |
| aBiofilm | 抗生物膜化合物 | http://bioinfo.imtech.res.in/manojk/abiofilm/ |
| ActiveDriverDB | 翻译后修饰对应的基因组变异 | https://activedriverdb.org/ |
| ADReCS-Target | 与蛋白质，基因和遗传变异有关的药物不良反应 | http://bioinf.xmu.edu.cn/ADReCS-Target |
| AmyPro | 致淀粉状病变产生区域相关蛋白 | http://amypro.net |
| anti-CRISPRdb | 抗CRISPR蛋白 | http://cefg.uestc.edu.cn/anti-CRISPRdb/ |
| CirGRDB | 生物节律相关调控RNA | http://cirgrdb.biols.ac.cn |
| CR2Cancer | 染色质调控因子与肿瘤 | http://cis.hku.hk/CR2Cancer |
| dbCoRC | 转录调控回路数据库 | http://dbcorc.cam-su.org/ |
| DifferentialNET | 人类组织中蛋白-蛋白质相互作用差异 | http://netbio.bgu.ac.il/diffnet |
| DiseaseEnhancer | 疾病相关增强子 | http://biocc.hrbmu.edu.cn/DiseaseEnhancer/ |
| DISNOR | 疾病基因相关蛋白相互作用网络 | http://disnor.uniroma2.it/ |
| DreamBASE | 人类表达的假基因：DNA修饰，RNA调节和结合蛋白 | http://rna.sysu.edu.cn/dreamBase |
| ECOdrug | 药物靶标的进化保存 | http://www.ecodrug.org |
| EpiDenovo | 哺乳动物胚胎发育的表观遗传学 | http://61.148.58.210:8080/EpiDenovo/ |
| EPD | 蛋白质动力学 | https://peptracker.com/epd/ |
| eRAM | 罕见病数据库 | http://www.unimd.org/eram/ |
| FusionDB | 基于功能的相似性生物网络 | http://services.bromberglab.org/fusiondb/ |
| HEDD | 人类疾病相关增强子数据库 | http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php |
| IMOTA | 交互式多组学地图集 | https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/imota/ |
| iPTMnet | 翻译后修饰网络 | http://research.bioinformatics.udel.edu/iptmnet/ |
| ITSoneDB | 真核生物核糖体RNA内部转录间隔区1序列 | http://itsonedb.cloud.ba.infn.it/ |
| jMorp | 1000名健康日本人的代谢组学和蛋白质组学 | https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/ |
| LINCS Data Portal | 基于细胞的扰动-响应 | http://lincsportal.ccs.miami.edu/dcic-portal/ |
| LinkedOmics | 32种肿瘤的多组学分析 | http://www.linkedomics.org |
| MeDReaders | 结合甲基化DNA的转录因子 | http://medreader.org/ |
| microbiomeDB | 挖掘和分析微生物群落数据 | http://microbiomeDB.org |
| MINTbase | 线粒体和核tRNA片段 | https://cm.jefferson.edu/MINTbase/ |
| MIST | 模型生物分子相互作用数据 | http://fgrtools.hms.harvard.edu/ProteinSearch/ |
| MGA | 大规模基因组注释 | http://ccg.vital-it.ch/mga/ |
| mSignatureDB | 人类癌症中的突变特征 | http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb |
| PancanQTL | 癌症样本的表达定量基因座（eQTL）分析 | http://bioinfo.life.hust.edu.cn/PancanQTL/ |
| PedAM | 儿科疾病注释与医学 | http://www.unimd.org/pedam/ |
| PGG.Population | 不同人群的基因组多样性 | https://www.pggpopulation.org |
| PharmacoDB | 癌细胞系的药物基因组学 | http://pharmacodb.pmgenomics.ca |
| PICKLES | Cas-9文库敲除基因筛选系统 | http://pickles.hart-lab.org |
| PopHuman | 人口基因组学导向的基因组浏览器 | http://pophuman.uab.cat |
| SBCCDB | 癌症相关基因筛选工具：Sleeping beauty | http://sbcddb.moffitt.org |
| SCPortalen | 人与小鼠单细胞测序数据中心 | http://single-cell.clst.riken.jp/ |
| SEECancer | 癌症进化阶段特异性体细胞事件 | http://biocc.hrbmu.edu.cn/SEECancer |
| StemMapper | 干细胞基因表达 | http://stemmapper.sysbiolab.eu |
| STCRDab | T细胞受体数据库 | http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/stcrdab |
| SysteMHC Atlas | MHC结合肽的免疫学肽 | https://systemhcatlas.org/ |
| Target-Pathogen | 病原体药物靶点优化 | http://target.sbg.qb.fcen.uba.ar/patho |
| TC3A | 3’UTR，可变PolyA与癌症 | http://tc3a.org/ |
| TCSBN | 组织和癌症特异性生物网络 | http://inetmodels.com |
| VarCards | 人类基因组编码变体 | http://varcards.biols.ac.cn/ |
| VDJdb | 具有已知抗原特异性的T细胞受体序列 | https://vdjdb.cdr3.net/ |
| Virus Taxonomy | 病毒分类 | http://ictv.global |
| BioMuta | 癌症SNV和基因表达 | https://hive.biochemistry.gwu.edu/biomuta |
| BioExpress | 癌症SNV和基因表达 | https://hive.biochemistry.gwu.edu/bioxpress |
| iSyTE | 集成系统工具发现眼相关基因 | http://research.bioinformatics.udel.edu/iSyTE |
| NLSdb | 核定位信号 | https://rostlab.org/services/nlsdb/ |
| PAGER 2.0 | 通路注释 | http://discovery.informatics.uab.edu/PAGER/ |
| ReMap | ChIP数据库 | http://remap.cisreg.eu |
| SuperDrug2 | 获批的药物 | http://cheminfo.charite.de/superdrug2 |
| TumorFusions | 肿瘤融合基因 | http://www.tumorfusions.org |
其他数据库
非生物医学方向的，比如微生物，植物，甚至风味物质的数据库也在今年的收录名单，相关研究方向的同仁可以了解一下。
表3其他数据库（摘自(Fern´andez 2018)）
| 数据库名称 | 简介 | 链接 |
| AraGWAS Catalog | 拟南芥全基因组关联研究 | https://aragwas.1001genomes.org |
| ChannelsDB | 通道蛋白数据库 | http://ncbr.muni.cz/ChannelsDB |
| ClusterCAD | I型模块化聚酮化合物合成酶的工程 | https://clustercad.jbei.org and
http://clustercad.igb.uci.edu |
| dbCAN-seq | 基因组规模CAZymes和CAZyme基因簇 | http://cys.bios.niu.edu/dbCAN seq |
| FlavorDB | 风味分子数据库 | http://cosylab.iiitd.edu.in/flavordb |
| MMP | 海洋宏基因组学门户 | https://mmp.sfb.uit.no/databases/ |
| MVP | 微生物-噬菌体相互作用 | http://mvp.medgenius.info |
| NPASS | 天然产物定量活性 | http://bidd2.nus.edu.sg/NPASS/ |
| PAMDB | 铜绿假单胞菌代谢组数据库 | http://pseudomonas.umaryland.edu |
| PCSD | 植物染色质结构数据库 | http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates |
| Planteome | 植物本体和注释的门户 | http://www.planteome.org |
| TriForC database | 三萜途径 | http://bioinformatics.psb.ugent.be/triforc/ |
| BioStudies | 与单一研究有关的各种数据 | https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ |
| PULDB | 拟杆菌属物种多糖利用位点 | http://www.cazy.org/PULDB new/ |
参考文献：
Fern´andez, D. J. R. a. X. e. M. (2018). “The 2018 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection.” Nucleic Acids Research.