欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计37篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]

1、综述:环状RNA的生物形成和功能的焦点问题。

标题:Biogenesis and Functions of Circular RNAs Come into Focus.

杂志:Trends In Cell Biology;影响因子: 16.588

通讯作者:Jeremy E. Wilusz(宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院)

许多真核生物蛋白编码基因能够产生外显子来源环状RNA。这些环状RNA大多数低水平表达,但有些circRNA表达水平积累到比其相关的线性mRNA更高。这篇综述重点介绍了近年来开发的用于鉴定和表征这些circRNA转录本的几种方法,这些方法揭示了环状RNA如何产生和发挥作用的详细过程。现在很清楚,环状RNA水平的调节可导致多种分子和生理表型,包括对神经系统,先天免疫,microRNA和许多与疾病相关的途径的影响。

综述亮点提要:

  • 环状RNA从许多真核生物蛋白质编码基因的pre-mRNA的“backspaces”剪切机制(下游5’剪接位点连接到上游3’剪接位点)中产生。
  • 内含子重复元件之间的碱基配对通常促进了环状RNA的生物形成,而这些环状RNA表达又受RNA结合蛋白,核心剪接体成分的水平和外显子跳跃事件的的组合作用控制。
  • 一旦产生,大多数环状RNA高度稳定,并以依赖于长度的方式从细胞核输出后,在细胞质中积累。
  • 大多数环状RNA的生物学功能仍然未知,但是越来越明确的是,特定的环状RNA可以调节microRNA或RNA结合蛋白的活性,被翻译成蛋白质产物或调节先天免疫应答。
  • 环状RNA在神经元组织中含量最高,随着年龄的增长而积累,并在包括癌症在内的人类疾病中发挥功能性作用。

图注:circRNA调控microRNA或翻译成多肽

2、全面鉴定人类组织转录组中的可变反向剪接事件。

标题:Comprehensive identification of alternative back-splicing in human tissue transcriptomes.

杂志:Nucleic Acids Research ;影响因子:11.147

通讯作者:张鹏(上海市肺科医院胸外科)和 翁志萍(美国麻省大学医学院)

环状RNA(circRNA)是共价闭合的RNA,其来源于真核生物基因的反向剪接。通过可替代的反向剪接(ABS),单个基因可产生共享相同反向剪接位点的多个circRNA。尽管最近发现了许多ABS事件,但是ABS参与circRNA生物发生的程度以及如何在不同的人体组织中进行调节仍然是未知的。该研究中,作者报道了90个人类组织转录组中ABS事件,并进行了深入分析,研究结果发现大约84%的circRNA发生ABS。有趣的是,5’的可变反向剪接比3’的可变反向剪接更普遍,并且两者都是组织特异性的,尤其在脑组织表现高丰度。此外,在不同大脑区域中,ABS事件的模式彼此相似,并且比非脑组织中的模式更复杂。最后,内含子长度和Alu元件的丰度与ABS事件复杂性呈正相关,并且在同一ABS事件中,主要的circRNA具有比其他circRNA更长的侧翼内含子和更多的Alu元素。总之,该研究成果扩展了人们对人类组织转录组中circRNA的ABS事件的认识,并提供了对circRNA生物发生,表达和调控复杂性的见解。

图注:在人类组织转录组中普遍存在circRNA的ABS事件

  1. circRNA在肿瘤微环境中的作用。

标题:Roles of circRNAs in the tumour microenvironment.

杂志:Mol Cancer ;影响因子:10.679

通讯作者:刘金波、李晓丽和孙振强(郑州大学第一附属医院)

肿瘤微环境(TME)构成了肿瘤发展过程中的周围区域,并已证明通过与肿瘤细胞的串扰在癌症相关疾病中发挥作用。环状RNA(circRNA)是内源非编码RNA(ncRNA)的亚群,在真核生物中普遍表达,并且在调节癌症的发生和发展中具有多种生物学功能。越来越多的研究表明,circRNA参与TME的多方面生物学调控。但是,有关机制的细节至今仍难以捉摸。在这篇综述中,作者从各种角度分析了circRNAs对TME的影响,包括免疫监测,血管生成,缺氧,基质重塑,exo-circRNAs和放化疗抗性等。目前,circRNA在靶向治疗中以及作为无创性生物标志物的巨大潜力已引起广大科学家的关注。该篇综述着重强调了靶向TME相关的circRNAs的策略具有克服癌症耐药性和改善治疗效果的广阔前景。

图注:circRNA肿瘤微环境(TME)中的作用

文献列表:

序号 主要内容 论文标题 杂志 IF 单位
1 综述:环状RNA的生物形成和功能的焦点问题。 Biogenesis and Functions of Circular RNAs Come into Focus. Trends Cell Biol 16.588 佩雷尔曼医学院
2 全面鉴定人类组织转录组中的可变反向剪接事件。 Comprehensive identification of alternative back-splicing in human tissue transcriptomes. Nucleic Acids Res 11.147 上海肺科医院医院临床转化中心等
3 circRNA在肿瘤微环境中的作用。 Roles of circRNAs in the tumour microenvironment. Mol Cancer 10.679 郑州大学第一附属医院
4 CircPTK2(hsa_circ_0005273)作为转移性结直肠癌的新型治疗靶标。 CircPTK2 (hsa_circ_0005273) as a novel therapeutic target for metastatic colorectal cancer. Mol Cancer 10.679 东南大学公共卫生学院等
5 通过m6A修饰驱动mRNA降解的分子机制。 Molecular Mechanisms Driving mRNA Degradation by m6A Modification. Trends Genet 10.627 韩国高丽大学等
6 环状RNA FAM114A2通过海绵吸附miR-762来调节∆NP63,从而抑制膀胱癌的进展。 Circular RNA FAM114A2 suppresses progression of bladder cancer via regulating ∆NP63 by sponging miR-762. Cell Death Dis 5.959 南京大学医学院
7 外泌体circRNA-100338通过增强浸润性和血管生成促进肝细胞癌转移。 Exosomal circRNA-100338 promotes hepatocellular carcinoma metastasis via enhancing invasiveness and angiogenesis. J Exp Clin Cancer Res 5.646 复旦大学附属中山医院等
8 环状RNA HIPK3下调介导过氧化氢诱导的人类成骨细胞毒性。 Circular RNA HIPK3 downregulation mediates hydrogen peroxide-induced cytotoxicity in human osteoblasts. Aging (Albany NY) 5.515 北京协和医院
9 环状RNA hsa_circ_0061825(circ-TFF1)通过靶向miR-326 / TFF1信号传导促进乳腺癌的进展。 Circular RNA hsa_circ_0061825 (circ-TFF1) contributes to breast cancer progression through targeting miR-326/TFF1 signalling. Cell Prolif 5.039 复旦大学附属闵行医院
10 环状RNA hsa_circRNA_002178沉默通过microRNA-328-3p介导的COL1A1抑制作用来延迟乳腺癌的进展。 Circular RNA hsa_circRNA_002178 silencing retards breast cancer progression via microRNA-328-3p-mediated inhibition of COL1A1. J Cell Mol Med 4.658 上海新华医院等
11 环状RNA aplacirc_13267通过apla-miR-1-13/THBS1信号通路上调鸭颗粒细胞凋亡。 The circular RNA aplacirc_13267 upregulates duck granulosa cell apoptosis by the apla-miR-1-13/THBS1 signaling pathway. J Cell Physiol 4.522 湖北省农业科学院
12 circRNA-14723通过吸附rno-miR-16-5p促进大鼠肝再生中肝细胞的增殖。 circRNA-14723 promotes hepatocytes proliferation in rat liver regeneration by sponging rno-miR-16-5p. J Cell Physiol 4.522 河南师范大学
13 CircTIMELESS通过miR-136-5p /ROCK1轴调节肺鳞状细胞癌细胞的增殖和侵袭。 CircTIMELESS regulates the proliferation and invasion of lung squamous cell carcinoma cells via the miR-136-5p/ROCK1 axis. J Cell Physiol 4.522 郑州大学第一附属医院
14 环状RNA hsa_circ_0004277通过使miR-512-5p海绵化以上调PTMA的表达而促进大肠癌的恶性表型。 Circular RNA hsa_circ_0004277 contributes to malignant phenotype of colorectal cancer by sponging miR-512-5p to upregulate the expression of PTMA. J Cell Physiol 4.522 辽宁省肿瘤医院
15 环状RNA RSF1通过调节miR-146a-5p促进辐射的肝星状细胞的炎症和纤维化表型。 Circular RNA RSF1 promotes inflammatory and fibrotic phenotypes of irradiated hepatic stellate cell by modulating miR-146a-5p. J Cell Physiol 4.522 复旦大学附属中山医院
16 环状RNA HIPK3通过上调miR-455减轻过氧化氢诱导的PC-12细胞损伤。 The circular RNA HIPK3 reduces hydrogen peroxide-induced injury of PC-12 cells by upregulation of miR-455. J Cell Biochem 3.448 浙江省人民医院
17 携带circ-ABCC1的CD133 +细胞的外泌来体介导结直肠癌的细胞干性和转移。 Exosomes from CD133+ cells carrying circ-ABCC1 mediate cell stemness and metastasis in colorectal cancer. J Cell Biochem 3.448 河南省肿瘤医院
18 环状RNA circABCC4通过miR-3186-3p/TNRC6B轴调节肺腺癌的进展。 Circular RNA circABCC4 regulates lung adenocarcinoma progression via miR-3186-3p/TNRC6B axis. J Cell Biochem 3.448 青岛大学附属医院
19 敲除circ_0084043可通过miR-429/tribbles homolog2轴和Wnt/β-catenin途径抑制人黑素瘤细胞的发展。 Knockdown of circ_0084043 suppresses the development of human melanoma cells through miR-429/tribbles homolog 2 axis and Wnt/β-catenin pathway. Life Sci 3.448 四川大学华西医院
20 CircZDHHC20通过miR-144 / GRHL2轴抑制滋养细胞中的增殖,迁移和侵袭。 CircZDHHC20 represses the proliferation, migration and invasion in trophoblast cells by miR-144/GRHL2 axis. Cancer Cell Int 3.439 华南大学附属第一医院
21 环状RNA-ZNF609通过充当miR-184的海绵来调节角膜新血管形成。 Circular RNA-ZNF609 regulates corneal neovascularization by acting as a sponge of miR-184. Exp Eye Res 2.998 兰州大学第二医院
22 重新定义APOE基因的转录调控及其与阿尔茨海默氏病的关系。 Redefining transcriptional regulation of the APOE gene and its association with Alzheimer’s disease. PLoS One 2.776 华盛顿大学医学院
23 响应低磷胁迫的大豆中新型环状RNA的转录组鉴定。 Transcriptome-wide identification of novel circular RNAs in soybean in response to low-phosphorus stress. PLoS One 2.776 河南农业大学
24 使用生物信息学分析鉴定肾脏肾脏透明细胞癌中的METTL14。 Identification of METTL14 in Kidney Renal Clear Cell Carcinoma Using Bioinformatics Analysis. Dis Markers 2.761 厦门市第五医院
25 CircRNA 010567通过抑制TGF-β1改善大鼠心肌梗死。 CircRNA 010567 improves myocardial infarction rats through inhibiting TGF-β1. Eur Rev Med Pharmacol Sci 2.721 兰州大学第一附属医院
26 环状RNA hsa_circ_0006168通过激活S6K/S6途径来调节miR-384/RBBP7轴,从而促进食管癌细胞的增殖,迁移和侵袭。 Circular RNA hsa_circ_0006168 contributes to cell proliferation, migration and invasion in esophageal cancer by regulating miR-384/RBBP7 axis via activation of S6K/S6 pathway. Eur Rev Med Pharmacol Sci 2.721 汕头大学医学院第一附属医院
27 环状RNA hsa_circ_0091017通过与microRNA-589-5p结合来抑制膀胱癌细胞的增殖,迁移和侵袭性。 Cyclic RNA hsa_circ_0091017 inhibits proliferation, migration and invasiveness of bladder cancer cells by binding to microRNA-589-5p. Eur Rev Med Pharmacol Sci 2.721 山东大学第二医院
28 环状RNA hsa_circ_0007623充当microRNA-297的海绵,并促进心脏修复。 The circular RNA hsa_circ_0007623 acts as a sponge of microRNA-297 and promotes cardiac repair. Biochem Biophys Res Commun 2.705 南京中医药大学等
29 ciRS-7靶向miR-135a-5p通过炎症和自噬促进CCI大鼠的神经性疼痛。 ciRS-7 targeting miR-135a-5p promotes neuropathic pain in CCI rats via inflammation and autophagy. Gene 2.638 淮安市第一人民医院
30 非编码RNA与心脏分化和再生。 The non-coding side of cardiac differentiation and regeneration. Curr Stem Cell Res Ther 2.612 罗马萨皮恩扎大学
31 环形RNA 0007255通过miR-335-5p/SIX2轴调节乳腺癌的进展。 Circular RNA 0007255 regulates the progression of breast cancer through miR-335-5p/SIX2 axis. Thorac Cancer 2.524 厦门大学附属东方医院等
32 人内脏前脂肪细胞和脂肪细胞中的CircRNA表达谱。 CircRNA expression profiles in human visceral preadipocytes and adipocytes. Mol Med Rep 1.851 南通大学医学院等
33 环状RNA VRK1与良好的预后相关,可抑制细胞增殖,但可促进乳腺癌细胞凋亡。 Circular RNA VRK1 correlates with favourable prognosis, inhibits cell proliferation but promotes apoptosis in breast cancer. J Clin Lab Anal 1.728 华中科技大学同济医学院
34 circRNA在新生高氧诱导的大鼠支气管肺发育不良模型中的表达谱和功能。 Insights into the expression profiles and functions of circRNAs in a newborn hyperoxia-induced rat bronchopulmonary dysplasia model. J Gene Med 1.561 深圳市龙岗区耳鼻咽喉医院
35 环状RNA cir-ITCH通过cir-ITCH/miR-7/EGFR途径促进骨肉瘤迁移和侵袭。 Circular RNA cir-ITCH Promotes Osteosarcoma Migration and Invasion through cir-ITCH/miR-7/EGFR Pathway. Technol Cancer Res Treat 1.481 江西省人民医院
36 环状RNA circASXL1的表达与膀胱癌TNM分类,预测总体生存率相关。 Expression of circular RNA circASXL1 correlates with TNM classification and predicts overall survival in bladder cancer. Int J Clin Exp Pathol. 0.205 天津医科大学第二医院
37 人外周全血中Hsa_circ_0101996与hsa_circ_0101119结合可作为宫颈鳞状细胞癌的潜在生物标志物 Hsa_circ_0101996 combined with hsa_circ_0101119 in peripheral whole blood can serve as the potential biomarkers for human cervical squamous cell carcinoma. Int J Clin Exp Pathol. 0.205 重庆市肿瘤研究所

 

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