欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献29篇,下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。

  1. 综述:哺乳动物细胞工程技术合成环状RNA

论文标题: Reinventing the Wheel: Synthetic Circular RNAs for Mammalian Cell Engineering

期刊:Trends Biotechnol 影响因子:13.747

通讯作者:Alan Costello(爱尔兰都柏林城市大学)

最近的研究报道,证实了合成环状RNA分子在基因治疗和基于细胞表达系统的生物制剂生产中的应用。环状RNA是前体mRNA通过反向剪接方式自然形成的共价闭环RNA。虽然环状RNA曾被认为是剪接错误的非编码产物,但现在人们普遍认为,在真核生物中,环状RNA数量丰富,在基因调控和蛋白翻译等方面具有多种功能。关于环状RNA在各种疾病中的功能及应用已有大量报道,但人工合成环状RNA在重组蛋白生产和基于环状RNA的治疗方面的应用,才刚刚成为人们关注的焦点。该综述文章系统性地阐述了目前人工合成环状RNA的应用以及合成环状RNA的方法,主要重点介绍了以下几个方面。

  • 介绍已经报道的在体内和体外合成环状RNA的机制和方法。
  • 设计合成的环状RNA被用于调节天然miRNA的功能。
  • 环状RNA可以编码蛋白质,并且已经证明了新的翻译机制。
  • 利用环状RNA适配体,可以对蛋白质功能和细胞内代谢产物进行干扰。

图注:人工合成circRNA的应用方向。

  1. Ularcirc:一种集成反向和正向剪接位点识别的增强型circRNA分析及可视化工具

论文标题:Ularcirc: visualization and enhanced analysis of circular RNAs via back and canonical forward splicing

期刊:Nucleic Acids Res 影响因子:11.147

通讯作者:David T. Humphreys(澳大利亚张任谦心脏研究所)

环状RNA(circRNA)是一类独特的基因转录产物,只能通过跨越不一致连接的序列比对来识别,通常称为反向剪接连接(BSJ)。经典正向剪接方式也与circRNA的生物形成有关,无论是来自于亲本转录本还是来自于circRNA内部,而目前circRNA鉴定软件中通常不太会关注这一点。该文献作者开发的Ularcirc的软件工具,它集成了识别反向剪接位点和正向剪接位点的可视化功能,并能对鉴定的circRNA进行下游分析。 Ularcirc可利用CIRI、circExplorer或STAR比对软件的原始输出结果,组装环状RNA的反向剪接位点(BSJ)计数表,并允许多样本分析。研究者使用Ularcirc工具分别从公共和内部生成的数据集中识别和表征circRNA,并演示了它如何用于(i)发现新的亲本转录本剪接模式,(ii)检测circRNA的内部剪接模式,(iii)以及揭示反向剪接位点(BSJ)形成的复杂性。 此外,该研究还确定了circRNA可能具有比亲本转录本线性序列更长的开放阅读框。最后,我们检测并验证了由ApoA4转录本产生的一类新型环状circRNA的存在,其反向剪接位点(BSJ)来自编码外显子内的多个非经典剪接位点。

图注:Ularcirc工具集工作流程示意图

  1. 环状RNAcircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/波形蛋白轴促进胃癌进展

论文标题:Circular RNA circNHSL1 promotes gastric cancer progression through the miR-1306-3p/SIX1/vimentin axis

杂志:Mol Cancer 影响因子:10.679

通讯作者:裘正军和黄陈(上海市第一人民医院)

越来越多的证据表明环状RNA (circRNAs)在各种癌症的发生和发展过程中发挥着重要的作用。然而,环状RNA在胃癌中的具体功能和潜在机制仍不清楚。该研究采用高通量测序技术RNA-seq分析筛选转移相关环状RNA的表达谱。采用qRT-PCR技术检测胃癌组织中circNHSL1的表达水平及对预后的影响。目前广泛认为vimentin波形蛋白作为一种间质标记物,在多种肿瘤中促进侵袭和转移。研究者采用荧光素酶报告基因法测定了SIX1对波形蛋白的调节作用。此外,原位杂交(ISH)检测miR-1306-3p的水平和预后价值。实验结果发现circNHSL1水平在胃癌中明显上调,与胃癌患者的临床病理特征及预后不良呈正相关。在功能上,circNHSL1促进细胞的迁移和侵袭,以及体内肿瘤的发生和转移。在机制上,circNHSL1作为miR-1306-3p海绵,减轻miR-1306-3p对靶基因SIX1的抑制作用。此外,SIX1通过直接与波形蛋白启动子区结合,增强波形蛋白在转录水平上的表达,从而促进细胞迁移和侵袭。此外,miR-1306-3p表达下调,与胃癌的病理特征及预后不良呈负相关。因此,CircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/Vimentin轴促进胃癌进展,可能成为胃癌患者新的诊断标志物和治疗靶点。

图注:体内动物实验结果表明circNHSL1可促进胃癌细胞的增殖和转移。

参考文献列表

序号 主要内容 论文标题 杂志 IF 单位
1 综述:哺乳动物细胞工程技术合成环状RNA Reinventing the Wheel: Synthetic Circular RNAs for Mammalian Cell Engineering Trends Biotechnol 13.747 爱尔兰都柏林城市大学
2 Ularcirc:一种增强型circRNA分析工具 Ularcirc: visualization and enhanced analysis of circular RNAs via back and canonical forward splicing Nucleic Acids Res 11.147 澳大利亚张任谦心脏研究所
3 环状RNAcircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/波形蛋白轴促进胃癌进展 Circular RNA circNHSL1 promotes gastric cancer progression through the miR-1306-3p/SIX1/vimentin axis Mol Cancer 10.679 上海市第一人民医院
4 来自NLRP3缺陷小鼠的肠道微生物群通过circHIPK2调节星形胶质细胞功能障碍来改善抑郁样行为 Gut microbiota from NLRP3-deficient mice ameliorates depressive-like behaviors by regulating astrocyte dysfunction via circHIPK2 Microbiome 10.465 东南大学医学院
5 骨重建和骨转移中的非编码RNA:作用机制和转化相关性 Non-coding RNAs in Bone Remodelling and Bone Metastasis: Mechanisms of Action and Translational Relevance Br J Pharmacol 6.583 谢菲尔德大学医学院
6 可卡因诱导纹状体中的差异环状RNA表达 Cocaine induces differential circular RNA expression in striatum Transl Psychiatry 5.182 四川大学华西医学院
7 circCPA4作为预后因子,调节胶质瘤的增殖和转移 circCPA4 acts as a prognostic factor and regulates the proliferation and metastasis of glioma J Cell Mol Med 4.658 中南大学湘雅医院
8 前体mRNA结构形成环状RNA Pre-mRNA structures forming circular RNAs Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech 4.599 肯塔基大学
9 滚环cDNA合成揭示环状RNA剪接变体 Rolling Circle cDNA Synthesis Uncovers Circular RNA Splice Variants Int J Mol Sci 4.183 意大利布巴内斯瓦尔生命科学研究所
10 阿尔茨海默病模型中失调的环状RNA可能的表观遗传调节作用 Possible epigenetic regulatory effect of dysregulated circular RNAs in Alzheimer’s disease model Sci Rep 4.011 韩国首尔大学医院
11 强直性营养不良中环状RNA水平的全局增加 Global Increase in Circular RNA Levels in Myotonic Dystrophy Front Genet 3.517 波兰科学院
12 hsa_circ_0007534下调通过调节miR-498/BMI-1信号传导来抑制宫颈癌的增殖和侵袭 Downregulation of hsa_circ_0007534 restricts the proliferation and invasion of cervical cancer through regulating miR-498/BMI-1 signaling Life Sci 3.448 陕西省肿瘤医院
13 目前胃癌的患病率状况以及最近关于环状RNA的作用及研究方法 Current prevalence status of gastric cancer and recent studies on the roles of circular RNAs and methods used to investigate circular RNAs Cell Mol Biol Lett 3.367 东南大学南京公共卫生学院
14 CircRNA CBL.11通过在结肠直肠癌中吸附miR-6778-5p来抑制细胞增殖 CircRNA CBL11 suppresses cell proliferation by sponging miR-6778-5p in colorectal cancer BMC Cancer 2.933 中国科学院近代物理研究所等
15 大鼠肺发育过程中circRNA的差异表达 Differential expression of circRNAs during rat lung development Int J Mol Med 2.928 南京医科大学附属儿童医院
16 microRNA-579上调介导结核分枝杆菌感染导致人巨噬细胞死亡 microRNA-579 upregulation mediates death of human macrophages with mycobacterium tuberculosis infection Biochem Biophys Res Commun 2.705 上海市肺科医院
17 环状RNA hsa_circRNA_0007334通过在胰腺导管腺癌中作为miRNA海绵起作用来促进MMP7和COL1A1表达 Circular RNA hsa_circRNA_0007334 is Predicted to Promote MMP7 and COL1A1 Expression by Functioning as a miRNA Sponge in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma J Oncol 2.6 吉林大学第二医院
18 下调的circPAPPA通过miR-384 / STAT3途径抑制滋养层细胞的增殖和侵袭 Downregulated circPAPPA suppresses the proliferation and invasion of trophoblast cells via the miR-384/STAT3 pathway Biosci Rep 2.535 南京医科大学附属常州妇幼保健院
19 环状RNA MYLK作为癌基因通过microRNA-195 / cyclin D1轴在喉鳞状细胞癌中促进癌症进展 Circular RNA MYLK serves as an oncogene to promote cancer progression via microRNA-195/cyclin D1 axis in laryngeal squamous cell carcinoma Biosci Rep 2.535 河北工程大学附属医院
20 Hsa_circ_0065149是早期胃癌筛查和预后预测的指标 Hsa_circ_0065149 is an Indicator for Early Gastric Cancer Screening and Prognosis Prediction Pathol Oncol Res 2.433 宁波大学医学院等
21 沉默circANKRD36通过上调miR-138保护H9c2细胞免受脂多糖诱导的损伤 Silencing circANKRD36 protects H9c2 cells against lipopolysaccharide-induced injury via up-regulating miR-138 Exp Mol Pathol 2.35 济宁医学院附属医院
22 角膜新生血管中circRNA表达模式的微阵列分析 Microarray Analysis of circRNA Expression Pattern in Corneal Neovascularization Cornea 2.313 复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
23 原发性Sjögren综合征中循环RNA的表达改变 Altered expression of circular RNA in primary Sjögren’s syndrome Clin Rheumatol 2.293 西南医科大学
24 鉴定环状RNA的内部对照基因 Identification of internal control genes for circular RNAs Biotechnol Lett 2.154 南京医科大学附属肿瘤医院
25 CircRNAs_100395在肝癌增殖和转移中的作用 Role of CircRNAs_100395 in Proliferation and Metastases of Liver Cancer Med Sci Monit 1.98 南方医科大学南方医院
26 hsa_circ_0092125的下调与口腔鳞状细胞癌的发生和发展有关 Down-regulation of hsa_circ_0092125 is related to the occurrence and development of oral squamous cell carcinoma Int J Oral Maxillofac Surg 1.961 青岛大学附属医院
27 宫颈癌中循环RNA相关ceRNA网络的综合分析:观察研究 Integrated analysis of circular RNA-associated ceRNA network in cervical cancer: Observational Study Medicine (Baltimore) 1.87 黄石市中心医院
28 lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络在腰椎间盘退变中的作用 lncRNA/circRNA‑miRNA‑mRNA ceRNA network in lumbar intervertebral disc degeneration Mol Med Rep 1.851 西安交通大学医学院附属红会医院
29 循环血浆环状RNA作为儿童先天性心脏病的新型诊断生物标志物 Circulating plasma circular RNAs as novel diagnostic biomarkers for congenital heart disease in children J Clin Lab Anal 1.728 南京医科大学附属儿童医院

 

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