欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献34篇,下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。

  1. 使用RNase R进行环状RNA纯化的改进方法,可有效去除含有G-四链体或3’末端结构

化的线性RNA

论文标题:An improved method for circular RNA purification using RNase R that efficiently removes linear RNAs containing G-quadruplexes or structured 3′ ends. 杂志:Nucleic Acids Res 影响因子:11.147

通讯作者:Jeremy E. Wilusz(美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院)

真核生物的蛋白编码基因可产生成千上万的环状RNA,circRNA具有共价连接的末端并且对外切核酸酶的降解具有抗性。为了证明环状RNA的成环性以及这些转录本的丰度,使用3′-5’核酸外切酶RNase R已成为该领域的标准。该研究中,作者证明涉及RNase R的标准方案> 20%高表达的线性RNA不能消化,但这些缺点可以在很大程度上克服。具有高度结构化的3’末端的RNA(包括snRNA和组蛋白mRNA)天然地对RNase R具有抗性,但是一旦将poly(A)尾添加到其末端,就可以有效降解。此外,RNase R在许多多腺苷酸化mRNA的体内停滞,特别是在以前注释为G-四链体(G4)结构的富含G的序列中。在用反应缓冲液中的Li +代替K +(其稳定G4s)后,作者发现RNase R能够将这些序列进行并完全降解mRNA。该研究的结果为目前用于分离环状RNA的方法提供了重要的改进,以及揭示可以天然抑制细胞核酸外切酶降解RNA结构的方法。

注:

G-四链体(G-quadruplex)是由富含串联重复鸟嘌呤(G)的DNA或RNA折叠形成的高级结构。G-四链体是由富含鸟嘌呤的DNA或RNA折叠形成的高级结构。可形成G-四链体的序列在人基因组中广泛分布,涉及DNA复制、端粒维持、基因表达与调控以及遗传不稳定性等过程。研究发现有些化学合成的G-四链体序列也具有生物活性,如核仁素的核酸适体AS1411具有抑制恶性肿瘤增殖活性。

图注:在含有KCl缓冲液RNaseR处理中,通常有G四链体结构的线性RNA通常难以被消化(左)。而通过RNaseR消化前耦合A碱基和在缓冲液中添加LiCl可更有效去除线性RNA分子,增加circRNA的纯度(右)。

2、线粒体mecciRNA的鉴定及调控蛋白质进入线粒体中的作用

论文标题:The identification of mecciRNAs and their roles in mitochondrial entry of proteins

杂志:BioRxiv

通讯作者:单革(中国科学技术大学)

近日中国科学技术大学单革教授首次报道人与小鼠线粒体来源的circRNA(mecciRNAs)的最新研究成果在BioRxiv发表。哺乳动物线粒体基因组很小,仅编码数量非常有限的蛋白。线粒体需要的其他上千种核基因组编码的蛋白质和非编码RNA必须从细胞质输入线粒体。该研究中,作者报告鉴定了由线粒体基因组编码的数百个环状RNA(mecciRNA)。体外和体内实验结果,证明mecciRNA通过在蛋白折叠中作为分子伴侣来促进核编码蛋白进入线粒体。已知的线粒体蛋白和RNA输入组分如TOM40和PNPASE与mecciRNA相互作用并调节蛋白质进入。mecciRNA的表达受到调节,并且这些circRNAs通过调节线粒体蛋白质输入来适应各种生理条件和应激反应,对癌症等疾病至关重要。该研究发现的线粒体mecciRNA–环状RNA及其相关的生理作用,丰富了人们对真核环状RNA类别和功能认识,并为线粒体和细胞核之间的通讯提供了新的视角,具有重要的研究意义。该文献详细解读请参考本公众号历史文章:BioRxiv | 线粒体来源circRNA及其功能

  1. 综述:环状RNA直接结合蛋白质并调控蛋白的行为

论文标题:Guidance of circular RNAs to proteins’ behavior as binding partners. 杂志:Cell Mol Life Sci 影响因子:7.014

通讯作者:李兆勇(湖南大学生物学院)

越来越多的研究表明,环状RNA(circRNA)可通过与蛋白质的直接相互作用影响蛋白质的行为。该综述文章中,作者总结通过直接与蛋白质结合的circRNA研究现状。包括:circRNA可促进蛋白质的细胞核或细胞质定位;调节蛋白的功能或稳定性;促进或抑制蛋白之间的相互作用;影响蛋白与DNA之间的相互作用。此外,这些circRNA结合蛋白包括转录因子,RNA加工蛋白,蛋白酶和一些其他RNA结合蛋白。circRNA参与多种生理或病理过程的调节,包括肿瘤发生,动脉粥样硬化,伤口修复,心脏衰老,心肌缺血/再灌注损伤等。因此,进一步研究与circRNA相互作用的更多类型的蛋白质,将有助于揭示circRNA指导细胞蛋白质行为变化和其他未知生物学功能。

表注:上表总结了目前已研究的circRNA直接结合的蛋白及对蛋白功能的调控作用。

参考文献列表

序号 主要内容 论文标题 杂志 IF 单位
1 使用RNase R进行环状RNA纯化的改进方法,可有效去除含有G-四链体或3’末端结构化的线性RNA An improved method for circular RNA purification using RNase R that efficiently removes linear RNAs containing G-quadruplexes or structured 3′ ends. Nucleic Acids Res 11.147 美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院
2 外泌体circRNAs:在人类疾病中的生物形成,作用和应用 Exosomal circRNAs: biogenesis, effect and application in human diseases Mol Cancer 10.679 郑州大学第一附属医院
3 综述:环状RNA直接结合蛋白质并调控蛋白的行为 Guidance of circular RNAs to proteins’ behavior as binding partners. Cell Mol Life Sci 7.014 湖南大学生物学院
4 circnr3c1通过吸附mir-27a-3p和下调cyclin d1的表达来抑制膀胱癌细胞的增殖 CircNR3C1 inhibits proliferation of bladder cancer cells by sponging miR-27a-3p and downregulating cyclin D1 expression. Cancer Lett 6.508 同济医学院附属协和医院
5 环状RNA Circ-FoxO3抑制成肌细胞分化 Circular RNA circ-FoxO3 Inhibits Myoblast Cells Differentiation. Cells 5.656 新疆石河子大学
6 CircRNA-104718作为竞争性内源RNA,通过microRNA-218-5p / TXNDC5信号通路促进肝细胞癌的进展 CircRNA-104718 acts as competing endogenous RNA and promotes hepatocellular carcinoma progression through microRNA-218-5p/TXNDC5 signaling pathway Clin Sci (Lond) 5.237 复旦大学中山医院
7 在小鼠气管内滴注细颗粒物后鉴定长非编码RNA和环状RNA Identification of long non-coding RNA and circular RNA in mice after intra-tracheal instillation with fine particulate matter. Chemosphere 5.108 北京大学第一医院
8 circLgr4通过Lgr4靶向肽驱动结肠直肠肿瘤发生和侵袭 circLgr4 drives colorectal tumorigenesis and invasion through Lgr4-targeting peptide. Int J Cancer 4.982 南通大学附属医院
9 作为miR-1182的ceRNA的环状RNA circABCC4通过促进FOXP4表达促进前列腺癌进展 Circular RNA circABCC4 as the ceRNA of miR-1182 facilitates prostate cancer progression by promoting FOXP4 expression. J Cell Mol Med 4.658 中南大学湘雅二医院
10 circDeep:环状RNA分类的深度学习方法 circDeep: Deep learning approach for circular RNA classification from other long non-coding RNA. Bioinformatics 4.531 路易斯维尔大学
11 hsa-circ-0000745通过增加细胞增殖、迁移和侵袭来促进宫颈癌 hsa_circ_0000745 promotes cervical cancer by increasing cell proliferation, migration, and invasion. J Cell Physiol 4.522 山东大学齐鲁医院
12 Hsa_circ_0039411通过miR-1179 / ABCA9和miR-1205 / MTA1信号传导途径促进乳头状甲状腺癌的发生和发展 Hsa_circ_0039411 promotes tumorigenesis and progression of papillary thyroid cancer by miR-1179/ABCA9 and miR-1205/MTA1 signaling pathways. J Cell Physiol 4.522 吉林大学第一医院
13 细胞外RNA作为散发性肌萎缩侧索硬化和其他神经退行性疾病的生物标志物 Extracellular RNAs as Biomarkers of Sporadic Amyotrophic Lateral Sclerosis and Other Neurodegenerative Diseases. Int J Mol Sci 4.183 东京医科大学
14 hsa-circ-0001946通过核苷酸切除修复信号通路抑制肺癌进展并介导非小细胞肺癌的顺铂敏感性 Hsa_circ_0001946 Inhibits Lung Cancer Progression and Mediates Cisplatin Sensitivity in Non-small Cell Lung Cancer via the Nucleotide Excision Repair Signaling Pathway. Front Oncol 4.137 中南大学湘雅医院
15 多个异构网络的融合用于预测circRNA-疾病关联 Fusion of multiple heterogeneous networks for predicting circRNA-disease associations. Sci Rep 4.011 中南大学湘雅医院
16 类风湿关节炎发病机制的表观遗传变化 Epigenetic Changes in the Pathogenesis of Rheumatoid Arthritis. Front Genet 3.517 莫斯科国立谢东诺夫第一医科大学
17 心房颤动患者环RNA、microRNA和mRNA的整合调控网络 The Integrative Regulatory Network of circRNA, microRNA, and mRNA in Atrial Fibrillation. Front Genet 3.517 同济大学附属东方医院等
18 circRNAs翻译如何通过非规范机制启动? How are circRNAs translated by non-canonical initiation mechanisms? Biochimie 3.362 法国图卢兹第三大学
19 哺乳动物的神经环状转录组研究 Neural circular transcriptomes across mammalian species. Genomics 3.16 新南威尔士大学等
20 CIRCAM3在急性Stanford A型主动脉夹层中的表达及血清CycMARK3的诊断价值 Expression profiles of circRNAs and the potential diagnostic value of serum circMARK3 in human acute Stanford type A aortic dissection. PLoS One 2.776 南京大学医学院附属鼓楼医院
21 microRNA-148a-3p通过限制环状RNA 0003575,促进从apoE缺陷小鼠中分离出的内皮细胞的存活和迁移 MicroRNA-148a-3p promotes survival and migration of endothelial cells isolated from Apoe deficient mice through restricting circular RNA 0003575. Gene 2.638 黑龙江省农垦总局总医院
22 环状RNA的共同靶标分析 Analysis of common targets for circular RNAs. BMC Bioinformatics 2.511 台湾国立中兴大学等
23 Qianggan提取物通过调节lncRNA / circRNA免疫ceRNA网络改善非酒精性脂肪性肝炎 Qianggan extract improved nonalcoholic steatohepatitis by modulating lncRNA/circRNA immune ceRNA networks. BMC Complement Altern Med 2.479 上海中医药大学附属龙华医院
24 circ-NOTCH1充当miR-637的海绵并影响其靶基因Apelin的表达以调节胃癌细胞生长 circ-NOTCH1 acts as a sponge of miR-637 and affects the expression of its target gene Apelin to regulate gastric cancer cell growth. Biochem Cell Biol 2.014 临沂市中心医院
25 高通量数据揭示新的环状RNA通过与人颅内动脉瘤相关的竞争性内源性RNA网络 High-Throughput Data Reveals Novel Circular RNAs via Competitive Endogenous RNA Networks Associated with Human Intracranial Aneurysms. Med Sci Monit 1.98 福建医科大学
26 侵入性和非侵入性无功能垂体腺瘤的差异环状RNA表达谱分析 Differential circular RNA expression profiles of invasive and non-invasive non-functioning pituitary adenomas: A microarray analysis. Medicine (Baltimore) 1.87 四川大学华西医院等
27 克罗恩病患者外周血单个核细胞中的环状RNA表达谱 Circular RNA expression profile in peripheral blood mononuclear cells from Crohn disease patients. Medicine (Baltimore) 1.87 南京医科大学附属苏州医院
28 环状RNA测序揭示针灸对不孕患者子宫内膜容受性影响的分子机制 Circular RNA sequencing reveals the molecular mechanism of the effects of acupuncture and moxibustion on endometrial receptivity in patients undergoing infertility treatment. Mol Med Rep 1.851 南京中医药大学
29 根据编码约束的理论设计最小RNA环模拟脱氨梯度 Theoretical minimal RNA rings designed according to coding constraints mimic deamination gradients. Naturwissenschaften 1.839 耶路撒冷希伯来大学
30 中国水牛(Bubalus bubalis)脂肪组织中环状RNA的表征:聚焦于脂肪沉积中的环状RNA Characterization of Circular RNAs in Chinese Buffalo (Bubalus bubalis) Adipose Tissue: A Focus on Circular RNAs Involved in Fat Deposition. Animals (Basel) 1.832 信阳师范学院等
31 环状RNA HECT1表达在急性缺血性卒中的疾病风险、疾病严重程度、炎症和复发中的作用 The role of circular RNA HECTD1 expression in disease risk, disease severity, inflammation, and recurrence of acute ischemic stroke. J Clin Lab Anal 1.728 华中科技大学同济医学院附属武汉中心医院
32 系统鉴定人腰椎间盘退变中lncRNA和circRNAs相关的ceRNA网络 Systematic identification of lncRNAs and circRNAs-associated ceRNA networks in human lumbar disc degeneration. Biotech Histochem 0.948 上海交通大学附属新华医院
33 产前诊断和妊娠相关疾病中的游离核酸 Cell-free nucleic acids in prenatal diagnosis and pregnancy-associated diseases. EJIFCC NA 德布勒森大学医学院
34 mecciRNA的鉴定及调控蛋白质进入线粒体中的作用 The identification of mecciRNAs and their roles in mitochondrial entry of proteins BioRxiv NA 中国科学技术大学

 

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