欢迎来到“circRNA研究汇总”栏目,本栏目将为您带来circRNA领域的最新研究成果。本期我们精选了12篇最新文献,涵盖了circRNA的基础研究、功能探究以及与疾病的关联。请您紧跟circRNA研究的步伐,共同洞悉科研前沿的最新动态!
检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR (circular RNA[Title/Abstract]) OR (circular mRNA[Title/Abstract])
01 利用超转录组挖掘揭示环状RNA基因组的类病毒和类病毒的多样性和进化
标题:Diversity and evolution of viroids and viroid-like agents with circular RNA genomes revealed by metatranscriptome mining
杂志:Nucleic Acids Res
影响因子:16.7
通讯作者:Eugene V Koonin
DOI:10.1093/nar/gkae1278
类病毒是几种植物疾病的病原体,是已知最小、最简单的复制子,由大小在 200 至 400 个核苷酸之间的共价闭合环状(ccc)RNA 分子组成。类病毒不编码蛋白质,依赖宿主 RNA 聚合酶进行复制,但有些含有参与复制中间过程的核酶。尽管已经发现了其他具有 cccRNA 基因组的类病毒样因子,如卫星 RNA、核酶病毒和逆转座子,但直到最近,这些因子在生物圈中的传播范围似乎很窄,它们的实际多样性和进化仍知之甚少。广泛的、有针对性的宏转录组挖掘极大地扩展了已知的 cccRNA 基因组的多样性。这些搜索发现了许多不同的类病毒样 cccRNA,其中许多在没有动植物物质的环境中被发现,这表明它们在单细胞真核生物和 / 或原核生物宿主中复制。一些 cccRNA 是 CRISPR 系统的靶标,支持它们与细菌的关联。除了类病毒大小范围内的小 cccRNA 外,还发现了各种各样的核酶病毒和具有 cccRNA 基因组的新型病毒,其基因组长度接近 5 千个碱基。因此,宏转录组挖掘表明,类病毒样 cccRNA 基因组的多样性远远超出了之前的预期,这促使人们重新评估这些复制子对于理解原始 RNA 世界的相关性。
02 CICADA: circRNA对幽灵蛋白质组的研究
标题:CICADA: a circRNA effort toward the ghost proteome
杂志:Nucleic Acids Res
影响因子:16.7
通讯作者:Liang Sun
DOI:10.1093/nar/gkae1179
近期研究证实,某些环状 RNA(circRNAs)编码的蛋白质对各种生物学功能至关重要。在这项研究中,该团队提出了 CICADA,这是一种专门设计用于高通量评估环状 RNA 的蛋白质编码潜力和编码产物的算法,能够识别先前未知的环状 RNA 编码蛋白质。通过利用该算法的潜力,该研究团队在食管鳞状细胞癌中鉴定出了多种有功能的、蛋白质编码的环状 RNA,并为不同类型的癌症建立了环状 RNA 翻译图谱。这一进展创新性地探索了基因组中隐藏的蛋白质组,有望促进癌症和复杂疾病的生物标志物和治疗方法的发现。CICADA 可作为一个 Python 模块获取(https://github.com/SunLab-biotool/CICADA)。
03 尿液环状RNA检测HBV相关肝细胞癌:一项多中心、大规模的病例对照研究
标题:Urinary Circular RNA Panels to Detect HBV-Related Hepatocellular Carcinoma: A Multicenter, Large-Scale, Case-Control Study
杂志:J Natl Compr Canc Netw
影响因子:14.8
通讯作者:Yijun Zeng
DOI:10.6004/jnccn.2024.7058
目的:超过 60%的肝细胞癌(HCC)患者由于临床表现和诊断较晚而无法接受治愈性治疗。晚期 HCC 的 5 年生存率约为 2%。然而,早期发现的 HCC 的治愈性疗法可以将 5 年生存率提高到 70%以上。该研究团队旨在确定尿液中用于检测 HCC 的敏感且非侵入性的生物标志物。
患者和方法:在这项研究中,招募了四组个体(健康对照、慢性乙型肝炎(CHB)患者、乙型肝炎病毒(HBV)引起的肝硬化患者和 HBV 相关 HCC 患者),每组被分配到发现、训练和验证阶段。由于相关文献中报道的在 HCC 组织和血液中的差异表达,总共选择了 14 种环状 RNA(circRNA)作为尿液中的假定生物标志物。通过定量 PCR(qPCR)测量它们在尿液中的表达水平。使用训练队列(n = 312)创建逻辑回归模型,然后使用独立队列(n = 741)进行验证。受试者工作特征曲线下面积(AUC)用于评估诊断性能。
结果:获得了三个 circRNA 面板(circ_0075792、circ_0005397 和 circ_0000976),它们在区分 HCC 与三个对照组方面具有高诊断性能,敏感性>80%,特异性>90%,AUC>0.9。
结论:基于这些结果确定和验证的尿液 circRNA 面板在检测 HCC,特别是早期 HCC 方面显示出理想的诊断性能。因此,使用这些生物标志物检测早期 HCC 将使那些否则会错过治愈性治疗窗口的患者受益于最佳治疗。
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