概述


这篇文章很短,但是故事很长。
文章很短,文章只做了一件环状RNA研究者都会做的事:对高通量测序检测到的环状RNA进行低通量验证。
故事很长,本文联合了环状RNA领域的诸多大咖一起,通过3种低通量检测方法对16个高通量circRNA检测方法的精确性和敏感性等指标进行了评估。而这16个工具,来自不同的时间、不同的研究小组,见证了环状RNA领域的发展史;每一个工具的背后应该都有一段故事——叙说了开发者对环状RNA的认知和期许。
文章对3种人类癌症细胞系的total RNA进行了深度测序,通过16种知名的检测工具识别到了315312个环状RNA,随后通过三种正交的低通量验证方法:
qPCR
RNase R
amplicon sequencing
评估过程与部分结果
一些环状RNA引物存在脱靶风险,将不被考虑用于验证,剩余1560个分子。
同时由于偶然原因,不同的工具,不同的细胞系,相同的circRNA被选中,最后1516个circRNAs被用于最后的验证。
每个工具具体的环状RNA精确性(验证率)如下图


敏感性评估如下图


敏感性和精确性的综合评估

小知识
中肯的建议

表格链接:

• 东南大学,温国霞
• 浙江大学,叶楚玉
• 复旦大学,杨力
• 上海中科院,袁国华
• 北京中科院,赵方庆
• 台湾中央研究院,莊樹諄
