circRNA公众号全新栏目——生信高级图,旨在解读生信分析中那些看上去很高级的图。

一、介绍

基因功能富集分析之后,一般常规的展示方式是画条形图和气泡图,如下图1所示:

图1.条形图(左)和气泡图(右)

 

但是,这俩货不是重点!

今天的主角是另一种可供展示的图,这类图就像一根根弦搭起来一样,被称作“弦图”。

图2.弦图

图2中登场的这个看起来错综复杂的圆形图就是弦图,是不是很酷炫?这种图是用R包GOplot中的GOChord函数画出来的。它可以方便直观地展示所选基因和通路(Term)之间的关系,以及基因的logFC变化。GOChord函数主要包含三个参数:data、gene、process,分别代表logFC、基因和通路,将这三个数据整理成一个二进制的关系矩阵即可进行绘制。当然,这个矩阵不仅可以按其要求自行构建,也可以使用其自带函数chord_dat来构建。像其他绘图功能一样GOChord为用户提供了许多参数来更改绘图布局,包括标签字体大小、标签之间的间距、logFC的色阶和色带颜色的调整等,我们可以根据自己的需求进行调整。

二、图解

最外圈右侧环:10 条GO biological process terms,每条term用一种颜色标识。

最外圈左侧环:基因列,渐变颜色表示基因差异表达倍数的变化。

内圈连线:基因和term之间的关联。

三、应用

作为个性化的生信分析图,弦图可以清晰地展示某条通路和基因之间的关联,因此可以用于转录组学研究中,同时也能应用于基因组、蛋白质组和代谢组等统计数据。

 

转载请联系邮箱授权:circRNA@163.com

发表评论